一般情况下，.net 程序启动时发生 Configuration system failed to initialize 错误， 大都与 config 文件中 <configSections> 的位置顺序有关或者内容格式错误，这种情况调试就能遇到并解决。如果是运行时手动修改不小心搞坏了config 文件，从能正常运行的程序文件夹下复制对应的 config 文件也可以解决。
最近遇到了一个特例：
用户称前一天还能运行的程序，第二天死活启动不了了，报错信息就是 Configuration system failed to initialize。反复确认用户没有手动修改过 config 文件，而且从别的能正常启动程序的机器上复制过来了 config 文件也不能解决问题。在来回检查 config 文件内容时，突然看见有 <userSettings>，这部分数据在程序启动后，是保存在 C:\Users\当前用户\AppData\Local 下的程序集名称文件夹中的，按图索骥找到这个应用程序对应的 user.config，发现文件大小居然是 0 KB，于是直接删除掉这个文件再重新启动应用程序，问题解决。
事后向用户了解，原来前一天在应用程序运行时发生突然断电关机的情况，怀疑正好应用程序在自动保存 settings，断电导致文件写入失败。等到第二天启动时，应用程序找到有这个 user.config 文件，但是读取不到任何数据，所以就报错了。