1.协议层级：ISIS链路层、OSPF在IP层
集成ISIS协议作为网络层协议直接运行在链路层上，ISIS数据包在以太网中通过其协议类型0xFEFE被链路层承认。IP类型是0x0800。
在链路层上运行ISIS协议的好处是可以避免受到ip数据包欺骗与DoS攻击，不利之处在于不能在ATM上运行。
OSPF在ip上运行，协议号为89，在IP中封装意味着OSPF报文会遭到IP包欺骗与拒绝服务攻击。
2.路由通告报文：ISIS用TLV、OSPF用LSA
ISIS大量使用可变长报文来通告路由选择信息。所有的ISIS报文均使用了tlv字段，从而每类ISIS报文都可以扩展。并且ISIS路由器可以忽略自身不支持的tlv类型。OSPF报文报文格式不可以扩展。OSPF使用各种不同类型的LSA来通告信息。LSA是可扩展的。和ISIS不同的是，那些没有得到接收认可的LSA类型不会扩散到邻接路由器。
3．MTU通告方式：ISIS通过填充hello报文、OSPF通过在DD报文中通告MTU
为了建立邻接，OSPF和ISIS都需要通知路由器获取匹配的最大传输单元的大小。ISIS 协议在hello报文中填充mtu大小，而OSPF则在数据库描述报文中通告接口mtu。ISIS可以手工禁止mtu的填充报文。
4．周期通告hello方式：ISIS在广播MAC、OSPF在组播地址
在ISIS和OSPF中都是通过周期性地传送和接收hello报文来实现的，ISIS的hello报文被通告到第二层广播地址上，比如以太网广播地址是0180.c200.0014和0180.c200.0015。OSPF被广播到224.0.0.5 和DR224.0.0.6。
5．链接关系建立：ISIS状态有3个、OSPF有7个
ISIS和OSPF在邻接关系建立上存在重大的差异，ISIS协议在通过交换hello报文建立双方通信后建立邻接关系，在建立邻接后就会同步双方的lsdb，由于邻接关系建立先于数据库同步从而可能引起的瞬时路由选择问题可以通过使用ISIS超载位来解决。
Down→Init→Up
OSPF采用了一个复杂的进程，该进程要求路由器在建立邻接之前同步他们的lsdb，这样就可以避免那些当相邻的还不具备完全转发能力的路由器吸收了中转流量时可能会发生的瞬时路由选择问题。
Down→Init→Two-way→Exstart→Exchange→Uploading→Full
6．选举方式：ISIS只有一个DIS、OSPF有DR、BDR
ISIS和OSPF都有指定路由器的概念，用来限制在广播链路中，路由器之间交换的链路状态信息的数量。ISIS只要求选举一台DIS，不需要备份，而且允许抢占，DIS通告hello报文的速度比其他路由器要快，缺省时其他节点的3倍。OSPF选举一台DR和BDR，DR不能被抢占。
DIS可以被抢占，以3倍频率发送hello。BDR，DR不能被抢占，DR以正常的频率发送Hello
7、支持的网络类型：ISIS支持2种、OSPF支持4种
ISIS仅支持广播和点对点链路。不支持NBMA链路。在NBMA环境下，可配置为p2p子接口或者广播链路（如果是全互联的连接方式）。
OSPF支持如下网络类型：p2p、广播、NMBA、点到多点和按需链路。
8、数据库同步时间：ISIS在链接建立之后，OSPF在链接建立时
ISIS在链接up之后才同步数据库。
OSPF在exchange--full过程中同步
9、区域划分方式：ISIS有2个区域、OSPF有很多区域
ISIS路由器属于一个区域，区域分为level-1、level-1-2、level-2，每个普通区域都类似ospf的stub区域。
OSPF路由器属于多个区域，区域有area0，普通area，stub，total stub，nssa，total nssa。
10、老化刷新时间：ISIS可调，OSPF固定
默认情况下，ISIS的LSP最大生存时间为1200s刷新间隔为900s，而且定时器值可调。
OSPF的LSA的老化时间为3600s，刷新间隔为1800s，而且是固定值。
11、部分路由计算：ISIS使用PRC计算前缀，OSPF全量SPF
由于ISIS区域中IP前缀是SPF数的叶子，故部分路由计算（PRC)较多，通常这就意味着在一个大的区域中路由处理器的负载较低。
部分SPF被限制用于域间和外部路由，任何要求较小的区域和分层拓扑扩展引起的域间链路动荡导致完全的SPF计算。
12、组播、IPv6扩展性：ISIS不支持组播路由，MOSPF和OSPFv3支持组播和IPv6
注： 一个IGP能够支持多大的区域是许多人都感兴趣的问题。ISIS在1000台路由器的域中没有出过重大问题，目前世界顶级的isp运行在ISIS的单个域中都超过500台，OSPF也可以配置到350台，不过数据不是绝对的。