方法1
awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta
方法2：
awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' fastq > fasta
推荐使用方法1,方法2可能会有缺陷，有些数据的值也是@，如果恰好是第一个碱基，就会出错
ytu-CL 2015-11-16 15:40 原文
方法1
awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta
方法2：
awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' fastq > fasta
推荐使用方法1,方法2可能会有缺陷，有些数据的值也是@，如果恰好是第一个碱基，就会出错