最近刚开始学习amber软件，看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了。就暂时跑了个分子动力学，其他的啥也没处理。先把我的操作过程记录下来吧，免得日后忘记。其实和其他的分子动力学软件的操作大同小异，主要都是构建结构和力场输入文件的时候麻烦。我这里使用的是Linux系统的amber18版本的软件，其他版本的我不知道是不是一样的。
一、构建kcl.pdb结构
①打开GaussView构建结构，其实很简单，就分别选择K和Cl，然后在窗口点两下，保存成kcl.pdb。
二、利用xleap获得sander的输入.top拓扑文件和.crd坐标文件
①打开xleap，在命令行输入xleap
②导入spce水的leaprc文件，这个文件包含一些基本的离子的参数，我这里使用的是spce水。amber还自带有其他的水模型文件，在$AMBERHOME/dat/leap/cmd下面。
source leaprc.water.spce
kcl = loadpdb kcl.pdb
edit kcl
③修改kcl的原子类型和电荷
鼠标选择两个原子，然后Edit-Edit selected atoms，修改原子名称、原子类型等为K+、Cl-，见下图（注意按下图的修改，不然跑分子动力学的时候报错，我最开始就忘记改了原子名称改成相应的离子，即没加正负号，然后xleap貌似就识别不了了，报错top的时候缺失了一些原子）。这是因为第②导入的力场里面K、Cl的原子类型就是K+和Cl-。修改完之后保存。
④设置盒子以及溶剂化
amber里面的默认长度单位貌似是埃A，首先设置盒子大小为30*30*30，然后溶剂化，我这里的0表示原来的盒子与溶剂化之后的边缘距离为0A。
set kcl box { 30 30 30 }
solvatebox kcl TIP3PBOX 0
⑤保存amber拓扑和坐标文件
saveamberparm kcl kcl-water-box.top kcl-water-box.crd
savepdb kcl kcl-water-box.pdb
三、跑能量最小化
①最小化文件enmin.in如下，参数控制在&cntrl ... /里面，注释符号是啥我暂时还没搞清楚
②运行的指令，我写了个脚本，提交到课题组的服务器集群上面计并行算。MPIRUN和EXEC是相应的目录
③vmd查看能量最小化之后的结构
由于amber18输出的结构和轨迹好像都是二进制码的，所以需要用cpptraj和ambpdb转换一下格式，使得vmd能够查看
cpptraj -p kcl-water-box.top -y kcl-min.rst -x kcl-min.rst7
ambpdb -p kcl-water-box.top < kcl-min.rst7 > kcl-min.pdb
vmd kcl-min.pdb
四、跑npt系综，收缩盒子
①npt系综的文件npt.in如下
②运行命令
③查看运行之后的轨迹
查看轨迹的方法和上面一样，也是需要先用cpptraj处理一下。
cpptraj -p kcl-water-box.top -y kcl-npt.mdcrd -x kcl-npt.dcd
vmd kcl-min.pdb kcl-npt.dcd
五、跑nvt系综
①nvt系综的输入文件nvt.in如下
②运行命令
六、分析数据等
这个暂时还没有研究要处理什么。