PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。
命令如下：
plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134
生成如下数据：
--ld rs123 rs134:
R-sq = 0.0313386 D' = 1
Haplotype Frequency Expectation under LE
--------- --------- --------------------
TG 0 0.022549
CG 0.171717 0.149168
TA 0.131313 0.108764
CA 0.696970 0.719518
In phase alleles are TA/CG