核酸数据库：一级：NCBI---NIH EMBL---ENA DDBJ---NIG (共同组成INSDC) ENsemble JCVI(宏基因组，HMP： Human Microbiome Project)等
二级：wormBase FlyBase Unigene等
蛋白数据库：
一级：蛋白序列数据库
Swisspro(人工注释的蛋白序列数据库)
TREMBL(Translation form EMBL 计算机注释的蛋白序列数据库)
PIR（Protein information Resource 支持基因组学，蛋白组学和系统生物学研究）
###共同组成联合蛋白序列数据库（Uniprot: Universal Protein Rsouce）三个层次的数据库http://www.uniprot.org/
UniParc:收录其所有子库的蛋白序列，量大，粗糙
Uniref: :收录其几个主要数据库，并将重复序列去除
UniProtKB：有详细的注释并与其余数据库有链接，分为UniProtKB/Swiss-Prot UniProtKB/TrEMBL
一级：蛋白结构数据库（PDB，Protein Data Bank），共蛋白结构
世界上唯一生物大分子3D结构数据库。大分子除了蛋白质以外还有核算以及两者的复合物。数据库分为四级，一级结构primary structure：氨基酸序列 ；二级结构Secondary structure ：周期性的结构构想，α螺旋，β折叠；三级结构Tertiary structure：整条多肽链的空间结构，3D结构；四级结构Quaternary structure：几个蛋白质分子（亚基）形成的复合体，如四聚体等。http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 例子：3H6X JSmol可视化软件
二级：Pfam数据库http://pfam.xfam.org/
是一个蛋白质结构域家族集合，目前有16712个蛋白质家族。蛋白质有一个或者多个功能区域组成，这些功能区域通常称为结构域。