背景:
miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合,导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译,从而实现转录后调控的作用;
如果在miRNA和 mRNA的结合区域,发生了snp,就可能会影响miRNA和mRNA的结合;导致疾病或者其他的一些变化;
所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值;
简介:
PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下:
http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/
数据库中收录的snp位点可以分成两种:
1)snp 位点发生在 mRNA 上,包括实验支持和预测的miRNA-mRNA 靶标关系
2)snp 位点发生在 miRNA 上,miRNA seeds
这个数据库不仅记录了snp位点,而且还将snp位点和疾病,性状关联了起来
对于miRNA的研究而言,我们重点关注发生在miRNA seeds 区域的snp 位点
点击首页右上角的download 按钮,出现ftp下载界面
我们选择最新版本 3.0 , 进行下载
下载的文件就是红色方框中的文件,分别对应小鼠和人的miRNA seeds 的区域的snp 位点
以人为例,文件中的内容如下:
miRID : 物种对应的microRNA的名称
Chr: 编码microRNA的基因所处的染色体
Strand:编码microRNA的基因的方向,正负链信息
Seed: microRNA与mRNA 3'UTR区结合的种子序列,就是一段保守序列
SNPID : 该snp位点在NCBI dbsnp 数据库中的rs号
Location : 发生突变的位点在染色体上的位置
Allele: 等位基因
Wobble : 该snp是否引起了miRNA-mRNA之间发生了G:U 的配对,yes 对应的值为1, no对应的值为
更详细的信息可以参考官网的帮助文档,在首页点击help 查看帮助信息