Materials_Studio多节点并行计算

Materials Studio是ACCELRYS公司在化学和材料领域设计的专业仿真软件，模拟的内容主要是催化剂、聚合物、固体及表面、晶体与衍射、化学反应等材料等领域；
同样适用Materials Studio7.0；

一、基础环境

1、主机名和IP
控制节点：192.168.1.11 m1
计算节点：192.168.1.12 c1
计算节点：192.168.1.13 c2
控制节点需要配置免SSH登陆到其他节点

2、主机配置
系统: Centos7.6 x86_64
CPU： 4C
内存：4G
软件：Materials Studio 8.0

二、配置Materials Studio

1、安装依赖

# yum install -y glibc.i686 compat-libstdc++-33 redhat-lsb libstdc++.i686

2、安装MS8

# tar zxvf MaterialsStudio80.tgz
# cd MaterialsStudio80/
# ./install --installroot=/software/msi
备注：全部下一步；
其中software目录是NFS，其他节点都是NFS挂载到software目录；

3、安装MS许可
修改msi.lic文件中的this_host为主机名

# /software/msi/LicensePack/linux/bin/lp_install msi.lic

4、管理环境变量（所有节点都需要）

# echo "/software/msi/LicensePack/etc/lp_profile" >> ~/.bashrc
# source /software/msi/LicensePack/etc/lp_profile

5、修改各节点机器名和CPU数

# vim /software/msi/MaterialsStudio8.0/share/data/machines.LINUX
m1:4
c1:4
c2:4

6、配置系统可用的CPU总数

# /software/msi/MaterialsStudio8.0/etc/Gateway/config/configure edit cpucorestotal=12

7、DMol3测试

# /software/msi/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 12 inputfile
inputfile是你的输入文件，根据自己的文件名修改，不需要扩展名

8、Slurm作业脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --output=job.%j.out
#SBATCH --error=job.%j.err
#SBATCH --nodes=3
#SBATCH --ntasks-per-node=4
RunMS="/software/msi/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh"
inputfile=TiO2
$RunMS -np $SLURM_NTASKS $inputfile

Materials_Studio多节点并行计算

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