1、在使用gatk 构建 索引文件过程中报错如下:
2、查看java
java
java --version
echo $JAVA_HOME
rpm -qa|grep jdk
发现没有安装java。
3、下载安装java
下载地址 https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk15-downloads.html,选择对应版本
4、给与权限
chmod 777 jdk-15_linux-x64_bin.rpm
5、安装
rpm -ivh jdk-15_linux-x64_bin.rpm
6、验证是否能用
java
java --version
echo $JAVA_HOME
rpm -qa|grep jdk
貌似已经可以使用。
7、使用gatk构建索引
可以正常使用了。