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r - 如何有满秩矩阵？

问题描述

我有两组数据，第 1 批的 4 个样本，每个样本 2 个重复，另外 4 个样本，第 2 批的 2 个重复。

我想从这些样本中删除批次效应，并一起比较不同的方法。我已经完成了以下命令，但面临错误：

design

                                 method batch
L4_rep1                               L    b1
L4_rep2                               L    b1
L6_L8_rep1                            L    b1
L6_L8_rep2                            L    b1
Q5_Q7_rep1                            Q    b1
Q5_Q7_rep2                            Q    b1
Q3_rep1                               Q    b1
Q3_rep2                               Q    b1
co_40d_A                          co_40d    b2
co_40d_B                          co_40d    b2
co_60d_A                          co_60d    b2
co_60d_B                          co_60d    b2
EB_A                                 EB    b2
EB_B                                 EB    b2
H9_A                                 H9    b2
H9_B                                 H9    b2


design$method <- factor(design$method, levels = c("L", "Q", "co_40d","co_60d", "EB", "H9"))
design$batch <- factor(design$batch, levels = c("b1", "b2"))

design.matrix <- model.matrix(~0+batch+method,design)

design.matrix

            batchb1 batchb2 methodQ methodco_40d methodco_60d methodEB methodH9
L4_rep1          1       0       0            0            0        0        0
L4_rep2          1       0       0            0            0        0        0
L6_L8_rep1       1       0       0            0            0        0        0
L6_L8_rep2       1       0       0            0            0        0        0
Q5_Q7_rep1       1       0       1            0            0        0        0
Q5_Q7_rep2       1       0       1            0            0        0        0
Q3_rep1          1       0       1            0            0        0        0
Q3_rep2          1       0       1            0            0        0        0
co_40d_A         0       1       0            1            0        0        0
co_40d_B         0       1       0            1            0        0        0
co_60d_A         0       1       0            0            1        0        0
co_60d_B         0       1       0            0            1        0        0
EB_A             0       1       0            0            0        1        0
EB_B             0       1       0            0            0        1        0
H9_A             0       1       0            0            0        0        1
H9_B             0       1       0            0            0        0        1

library(edgeR)
data_filter<- count table
edgeR.dgelist = DGEList(data_filter)
edgeR.dgelist_normal = calcNormFactors(edgeR.dgelist)
CommonDisp <- estimateGLMCommonDisp(edgeR.dgelist_normal, design.matrix)
Error in glmFit.default(y, design = design, dispersion = dispersion, offset = offset,  : Design matrix not of full rank.  The following coefficients not estimable: methodH9

我想知道我的设计矩阵是否正确？另外，我喜欢将Q方法与其他方法进行比较，请您帮我做对比吗？

标签： rexpressionbioconductor

解决方案

无法基于此设计创建满秩矩阵。如果您有变量 batch1 和其中一个方法列的值，您可以很容易地知道其他虚拟变量的值。也无法跨批次比较方法，例如，批次 2 中没有方法“L”可与批次 1 进行比较。

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