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bash - 替换/替换bash中文件名列表中的子字符串列表（使用awk？）

问题描述

我发现在我的一些 > 100.000 个文件名中，我的分隔符_也出现在不期望的位置上，并且弄乱了处理。因此，我想替换_这些文件中的。它们都在一个文件夹中。我尝试使用 awk FILENAME 变量，但我不知道如何处理它来更改文件名本身。完整的文件名是例如

mg.reads.per.gene_Putative@polyhydroxyalkanoic@acid@system@protein@(PHA_gran_rgn)_A1.tsv   
mg.reads.per.gene_Phage@regulatory@protein@Rha@(Phage_pRha)_A1.tsv 
...

一般来说，第一个和最后一个_应该在那里，所有额外的都应该被替换。注意：额外的并不总是在括号中。我在名为的文件名中生成了一个包含这些有问题的子字符串的列表problems.txt：

Putative@polyhydroxyalkanoic@acid@system@protein@(PHA_gran_rgn)
Phage@regulatory@protein@Rha@(Phage_pRha)
Phage@tail@protein@(Tail_P2_I)
Phd_YefM
pheT_bact:@phenylalanine--tRNA@ligase%2C@beta@subunit
...

并且在这里也想使用@不常见的字符来获得：

mg.reads.per.gene_Putative@polyhydroxyalkanoic@acid@system@protein@(PHA@gran@rgn)_A1.tsv    
mg.reads.per.gene_Phage@regulatory@protein@Rha@(Phage@pRha)_A1.tsv 
...

如何使用此列表作为输入来仅更改与列表中的记录匹配的那些文件名？我尝试这样做来处理文件夹中的文件并更改部分文件名（awk Pseudocode）：

for sample_files in $(find . -mindepth 1 -maxdepth 1 -type f)
do  
  awk '{if ("problem_record" ~ FILENAME); 
  gsub(/_/,/@/, substring(FILENAME))); print}' problems.txt $sample_files > $sample_files
done

但我不能指定我只想要“problem_record”条目所涵盖的区域内的更改。我也不知道如何指定输出

标签： bashawksubstringfilenamessubstitution

解决方案

这是一个纯粹的 bash 解决方案：

#!/bin/bash

# Loop over all files in the current directory
for i in *; do

  # Extract the part before the first _
  head="${i%%_*}"

  # Get the rest of the string
  tail="${i#*_}"

  # Extract the part after the last _
  rhead="${tail##*_}"

  # Extract the "middle" portion
  rtail="${tail%_*}"

  # Substitute _ with @ in the "middle"
  fixedrtail="${rtail//_/@}"

  # Rename files
  #echo -e "Renaming \"$i\" to \"$head_${fixedrtail}_$rhead\""
  mv $i "${head}_${fixedrtail}_${rhead}"
done

这将获取当前目录中的所有文件并重命名它们，以便_除第一个和最后一个之外的所有文件都替换为@. 它使用了大量的参数扩展，你可以在这里阅读。

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