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python - scikit-learn 和 scipy 库之间的确定系数不同。为什么？

问题描述

我有一个来自论文的数据集，我很难验证他们报告的决定系数 R 平方。我使用了 sklearn 和 scipy 库，我得到了不同的答案。为什么？哪个更可靠？ps 当我使用 Excel 作为另一种选择时，我得到了与 scipy 相同的答案。

下面是我用来比较 SKlearn 和 Scipy 的结果的代码：

import pandas as pd
from scipy import stats
from sklearn.metrics import r2_score

data = pd.read_csv("output.csv", header=None)

y_measured = data.iloc[0, :].values
y_predicted = data.iloc[1, :].values

print(r2_score(y_measured, y_predicted)) # prints 0.708717556205

slope, intercept, r_value, p_value, std_err = stats.linregress(y_measured, y_predicted)

print(r_value**2)  # prints 0.731889173485

标签： pythonscipyscikit-learnstatistics

解决方案

r2_score根据给定的y值和线性回归线预测的 y 值计算其值，而不是根据给定的x和y值。

这是一个例子。一、进口：

In [59]: import numpy as np

In [60]: from scipy import stats

In [61]: from sklearn.metrics import r2_score

一些需要处理的数据：

In [62]: x = np.array([0, 1, 2, 3, 5, 8, 13])

In [63]: y = np.array([1.2, 1.4, 1.6, 1.7, 2.0, 4.1, 6.6])

使用 进行线性回归scipy.stats.linregress，并检查r 2：

In [64]: slope, intercept, rvalue, pvalue, stderr = stats.linregress(x, y)

In [65]: rvalue**2
Out[65]: 0.9485915175891462

对于给定的x值，计算y回归线预测的值：

In [66]: ypred = slope*x + intercept

再次计算r 2，使用r2_score：

In [67]: r2_score(y, ypred)
Out[67]: 0.9485915175891464

正如预期的那样，我们得到了相同的值。

我们也可以用 来计算这个值scipy.stats.pearsonr：

In [68]: pearson_r, pearson_p = stats.pearsonr(x, y)

In [69]: pearson_r**2
Out[69]: 0.9485915175891464

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