r - 维恩图的 R 中的组合值

Question

我想在圆圈内绘制圆圈。我已经成功创建了一个三元组，我的代码中有以下细分：

venn.plot <- draw.triple.venn(
area1 = 1171,
area2 = 979,
area3 = 579,
n12 = 979,
n13 = 579,
n23 = 579,
n123 = 579,

最小的一圈是 579，下一个圈加 400 是 979，再下一个圈加 192 是 1171。

我想将其扩展到 5 个级别，下一个添加 52 为 1223，最后添加 11 为 1234。

我无法计算出成功生成图表的组合值。我得到的错误是

ERROR [2018-05-04 16:05:48] Impossible: a5 <- area5 - a6 - a7 - a15 - a16 - a17 - a18 - a25 - a26 - a27 - a28 - a31 - a20 - a29 - a21 - a10 produces negative area Error in draw.quintuple.venn(area1 = 1234, area2 = 1223, area3 = 1171,  :   Impossible: a5 <- area5 - a6 - a7 - a15 - a16 - a17 - a18 - a25 - a26 - a27 - a28 - a31 - a20 - a29 - a21 - a10 produces negative area

显然我加起来是错误的。

我应该为这些使用的 n 值是多少？n12=n13=n14=n15=n23=n24=n25=n34=n35=n45=n123=n124=n125=n134=n135=n145=n234=n235=n245=n345=n1234=n1235=n1245=n1345=n2345= n12345 =

标签： rvenn-diagram

Answer 1

如果我理解您希望每个集合成为另一个集合的子集。这是电话：

library(VennDiagram)
venn.plot <- draw.quintuple.venn(
  area1 = 579L,
  area2 = 979L,
  area3 = 1171L,
  area4 = 1223L,
  area5 = 1234L,
  n12 = 579L,
  n13 = 579L,
  n14 = 579L,
  n15 = 579L,
  n23 = 979L,
  n24 = 979L,
  n25 = 979L,
  n34 = 1171L,
  n35 = 1171L,
  n45 = 1223L,
  n123 = 579L,
  n124 = 579L,
  n125 = 579L,
  n134 = 579L,
  n135 = 579L,
  n145 = 579L,
  n234 = 979L,
  n235 = 979L,
  n245 = 979L,
  n345 = 1171L,
  n1234 = 579L,
  n1235 = 579L,
  n1245 = 579L,
  n1345 = 579L,
  n2345 = 979L,
  n12345 = 579L)

每个区域交叉点等于参与其中的最小区域。

现在这太麻烦了，特别是如果您需要经常执行它，这是一种编程方式：

定义你的集合：

val = c(579, 979, 1171, 1223, 1234)

给它命名

names(val) ;- LETTERS[1:length(val)]

也许有一个更优雅的方式，但从我的头顶：

z <- lapply(1:length(val),function(x){
  comb <- combn(names(val), m = x) #all combination of 1:5 elements of names
  value <- apply(comb, 2, function(i){ #for each combination return minumum from val vector
    return(min(val[names(val) %in% i]))
  })
  set <- apply(comb, 2, paste0, collapse = "&", sep = "") #paste the names with "&" in beetwean
  names(value) = set
  return(value)
})

分别运行每一行代码（例如使用 3 而不是 x）以了解它的作用。

z <- unlist(z)

library(eulerr) # a nice library
plot(euler(z, input = "union"), quantities = T)

让它变成一个函数：

create_eulerr_data <- function(val){
  z <- lapply(1:length(val),function(x){
  comb <- combn(names(val), m = x)
  value <- apply(comb, 2, function(i){
    return(min(val[names(val) %in% i]))
  })
  set <- apply(comb, 2, paste0, collapse = "&", sep = "")
  names(value) = set
  return(value)
  })
  z <- unlist(z)
  }

现在这样做的好处是它适用于任意数量的集合：

val <- c(26, 53, 78)
names(val) <- LETTERS[1:length(val)]
plot(euler(create_eulerr_data(val),
           input = "union"),
     quantities = T)

或者

val <- c(26, 53, 78, 112, 134, 158)
names(val) <- LETTERS[1:length(val)]
plot(euler(create_eulerr_data(val),
           input = "union"),
     quantities = T)

即使您提供未排列的值，它也会起作用：

val <- c(26, 78, 53)
names(val) <- LETTERS[1:length(val)]
plot(euler(create_eulerr_data(val),
           input = "union"),
     quantities = T)