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conda - 从 Nipype docker 镜像 CommandNotFound 构建 Singularity 配方

问题描述

我有以下奇点容器配方：

#!/bin/bash

Bootstrap: docker
From: nipype/nipype:latest

%labels
  Version v1.0

%post
  # Install nano
  apt-get update
  apt-get install nano

  # Set up Python environment
  CONDA_ENV=/opt/conda/bin
  export PATH=$CONDA_ENV:$PATH
  chmod -R 777 $CONDA_ENV

  # Activate conda environment
  conda activate neuro
  conda install seaborn
  pip install pybids

我用 Singularity 构建容器如下：

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依赖项的安装和大部分构建都正常，直到我遇到source not found. 重申这个问题以及我尝试过的方法：

标签： condasingularity-containernipype

解决方案

问题归结为您激活环境的方式。通常，您会这样做：

source /opt/conda/bin/activate neuro

但是如果 Singularity 容器帖子是在 shell (sh) 环境中构建的，则期望您找不到该source命令。相反，你想做：

. /opt/conda/bin/activate neuro

然后你就不需要大惊小怪了$PATH。您也不需要在文件顶部指定解释器。所以整个配方应该是这样的：

Bootstrap: docker
From: nipype/nipype:latest

# This is the adjusted (fixed) build recipe for the issue above.
# sudo singularity build swist Singularity.swist

%labels
    Version v1.0

%environment
    . /opt/conda/bin/activate neuro

%post
    # Install nano
    apt-get update && apt-get install -y nano

    # Install into conda environment
    . /opt/conda/bin/activate neuro &&
    /opt/conda/bin/conda install --name neuro -y seaborn &&
    /opt/conda/envs/neuro/bin/pip install pybids

然后用法是：

sudo singularity build swist Singularity.swist

singularity/swist_fmri_image>   . /opt/conda/bin/activate neuro

(neuro) Singularity swist:~/swist-> python
Python 3.6.5 | packaged by conda-forge | (default, Apr  6 2018, 13:39:56) 
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import seaborn
>>> import bids
>>>

我已经把这件事的全部记录放在了一个要点中

有用的调试技巧

这里有一些有用的调试技巧！我想出上述方法的方法是进行构建，用 conda 注释掉触发错误的最后几行。然后我可以构建一个可写的沙箱：

sudo singularity build --sandbox swist-box Singularity.swist

并用可写的方式输入。这将允许我进行更改和测试。

sudo singularity shell --writable swist-box
$ whoami
root

由于容器是可写的，这意味着更改将持续存在，因此您可以退出 root，然后在用户空间中编辑以测试您的 root 更改是否确实解决了问题！

singularity shell swist-box
$ whoami
neuro

然后，当您认为一切正常时，删除图像并从头开始构建并进行测试。

rm -rf swist-box swist
sudo singularity build swist Singularity.swist

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