r - 皮尔逊相关系数与 r 中的两个表

问题描述

我有以下两个数据集：

df <- read.table(text =
                   "Human_Gene_Name hsapiens    mmusculus   ggallus celegans    dmelanogaster   cintestinalis   trubripes   xtropicalis mmulatta
A1CF    5.634789603 4.787491743 3.688879454 2.079441542 3.931825633 2.772588722 3.871201011 3.044522438 4.094344562
                 AAK1   3.583518938 2.708050201 2.079441542 2.197224577 2.079441542 0.693147181 2.772588722 2.079441542 3.218875825
                 AAMP   3.555348061 3.17805383  2.48490665  1.791759469 2.302585093 0.693147181 2.48490665  1.098612289 2.079441542", header  = T)

ctn_df <- read.table(text = "Species    CTN
                     hsapiens   158
                     mmusculus  85
                     ggallus    67
                     celegans   32
                     dmelanogaster  27
                     cintestinalis  19
                     trubripes  110
                     xtropicalis    82
                     mmulatta   71
                     ", header = T)

“df”中的值代表功能多样性，我想根据物种 CTN 和功能多样性计算出每个基因的皮尔逊相关系数。

有没有一种方法可以根据“ctn_df”中的数据轻松地将 CTN 分配给“df”表中的特定物种。

对不起，如果这是一个简单的问题。

标签： rdataframestatisticsbioinformaticsbiomart

用于apply连续传递行数值cor作为第一个参数，然后用第一列命名相关值：

setNames( apply(df[-1], 1, cor, ctn_df$CTN), df$Human_Gene_Name)
     A1CF      AAK1      AAMP 
0.7556590 0.7834861 0.6829534

r - 皮尔逊相关系数与 r 中的两个表

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