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shell - 管道 python 字符串到 perl 脚本

问题描述

我想通过管道将文件路径从 Python 传输到 Perl 脚本。虽然我熟悉 Python 和 Bash，但我对 Perl 一无所知。
我有以下（示例）文件：

返回.py

print( 'data/test.txt' )

uniprot.pl

use strict;
use warnings;
use LWP::UserAgent;

my $list = $ARGV[0]; # File containg list of UniProt identifiers.
my $base = 'http://www.uniprot.org';
my $tool = 'uploadlists';

my $contact = ''; # Please set your email address here to help us debug in case of problems.
my $agent = LWP::UserAgent->new(agent => "libwww-perl $contact");
push @{$agent->requests_redirectable}, 'POST';

my $response = $agent->post("$base/$tool/",
                            [ 'file' => [$list],
                              'format' => 'fasta',
                              'from' => 'ACC+ID',
                              'to' => 'ACC',
                            ],
                            'Content_Type' => 'form-data');

while (my $wait = $response->header('Retry-After')) {
  print STDERR "Waiting ($wait)...\n";
  sleep $wait;
  $response = $agent->get($response->base);
}

$response->is_success ?
  print $response->content :
  die 'Failed, got ' . $response->status_line .
    ' for ' . $response->request->uri . "\n";

当我从 shell 调用 perl 文件时，perl uniprot.pl data/test.txt它工作正常。

我尝试了不同的方法来将 python 打印传递给这个调用，但显然是错误的：

1.

python3 return.py | perl uniprot.pl

这将给出：Failed, got 500 Internal Server Error for http://www.uniprot.org/uploadlists/。但是，据我所知，代码有效（如上所述），这必须是由错误的管道引起的。

2 

python3 return.py | perl uniprot.pl -

这将给出：Can't open file -: No such file or directory at /usr/share/perl5/LWP/UserAgent.pm line 476.所以似乎字符串被传递到 perl 文件，但是 perl 正在寻找一个完全不同的目录。

3
我更改了这一行：my $list = $ARGV[0];--to--> my $list = <STDIN>;，然后再次调用上述两个命令（因此是 1 和 2）。两者都给出：Can't open file data/test.txt : No such file or directory at /usr/share/perl5/LWP/UserAgent.pm line 476.

问题 如何将字符串从return.pyto传递uniprot.pl？

标签： shellperl

解决方案

您需要检查参数是通过命令行参数给出还是通过 STDIN 提供。

my $file;
if (@ARGV) {
    $file = $ARGV[0];
}
else {
    chomp($file = <STDIN>); # chomp removes linebreak
}

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