makefile - knitr，pandoc：如何从 Rmd 文件准备期刊 TeX 提交 ZIP 文件？

问题描述

knitr、pandoc 和 R Studio 的组合非常适合以格式编写学术论文.Rmd，但现在我的文章已被接受，我不知道如何准备一个.zip包含期刊所需的所有 LaTeX 源的文件。我得到的指示是：

 INSTRUCTIONS FOR AUTHORS
 WE ASK THAT YOU UPLOAD YOUR SOURCE FILES AT THIS TIME.
 Please upload the following:
 • A PDF of your final paper
 • The TeX or Word file containing your final paper
 • All figure files as separate files
 • Any additional files needed to compile your article. For example, .bbl and .bib files if you used BiBTeX (and we hope you did!), and any special macros
 • Any files to be posted as online supplementary material

当我直接在 LaTeX 中编写时，我有一个工作流程，当我在文章目录中键入时，它本质上创建了一个Makefile创建article.zip自article.{tex,aux,log}和所有其他依赖项。make zip

它使用 perl 脚本texdepend https://ctan.org/pkg/texdepend?lang=en来查找所有依赖项（图形、样式文件等），article.{tex,aux,log}并在Makefile.
我还使用 perl脚本 http://ctan.mirror.rafal.ca/biblio/bibtex/utils/bibtools/aux2bibaux2bib或http://www.gerd-neugebauer.de/software/TeX/BibTool/en/ ,从多个本地文件生成文章的文件，如文件中所给。bibtool.bib.bib.aux

此工作流程不适用于由knitr和生成的 PDF 文件pandoc。

一切都在一个 PDF 文件中生成。我可以.tex通过包含keep_tex: yes在 YAML 标头中来获取文件，但没有article.aux或article.log产生。因此，我无法使用任何标准工具来查找依赖项，尤其是与\includegraphics{}.
参考书目引用包含pandoc在article.tex文件中，但它们的格式似乎使得期刊很难以特定格式生成文章。它不使用\bibitem，而只是直接格式化引用，例如，

\hypertarget{ref-Van_Aelst:2011}{} Aelst, SV, \& Willems, G. (2011)。强大而高效的单向 MANOVA 测试。\emph{美国统计协会杂志}, \emph{106}(494), 706--718。\url{ http://doi.org/10.1198/jasa.2011.tm09748 }

编辑我应该补充一点，我需要使用的原因aux2bib或者bibtool是我的引用是从各种.bib文件中提取的：

bibliography: 
  - "../localtexmf/bibtex/bib/statistics.bib"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/graphics.bib"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/Rpackages.bib"

标签： makefilelatexknitrpandoc

解决方案

如果你article.Rmd用

output: 
  pdf_document:
    citation_package: natbib
    keep_tex: true
bibliography: 
  - "../localtexmf/bibtex/bib/statistics"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/graphics"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/Rpackages"

你应该得到你想要的，将 LaTeX 留在中article.tex，而将数字留在子目录中的某处article_files。你会得到一条像

\bibliography{../localtexmf/bibtex/bib/statistics,../localtexmf/bibtex/bib/graphics,../localtexmf/bibtex/bib/Rpackages}

在article.tex文件中；如果您需要通常的 LaTeX/BibTeX 方式，您应该能够生成自己的 aux 和 bbl 文件。

编辑添加：而不是

    citation_package: natbib

您可以使用

    citation_package: biblatex

这是一组更新和更灵活的 LaTeX 包，用于处理参考和引文。有关讨论和比较，请参阅https://tex.stackexchange.com/questions/25701/bibtex-vs-biber-and-biblatex-vs-natbib。我想提一下这一点，因为如果您确实选择使用biblatex，那么您确实需要将.bib扩展名保留在您的参考书目文件中。如果您从切换natbib到biblatex，则需要删除.bbl由生成的文件natbib，以便biblatex以不同的格式生成自己的文件。

makefile - knitr，pandoc：如何从 Rmd 文件准备期刊 TeX 提交 ZIP 文件？

问题描述

解决方案

推荐阅读