r - WGCNA 中的灰色模块有大小限制吗？

Question

WGCNA 分析结果为我们提供了几个模块。这些模块是彩色的，也用数字编号。通常灰色模块也标记为数字中的 0，对应于未在任何模块中聚集的基因集。我的确切问题是它的大小是否有任何限制，例如它不应超过总数据的 20%、30% 或 50%？

标签： rbioinformaticsbioconductor

Answer 1

我在其他地方收到了答案，所以我也在这里分享。

从support.bioconductor.org复制：

从WGCNA本身的角度来看，任何模块的大小或灰色基因的数量都没有限制。有多少基因最终应该是灰色的，这在很大程度上取决于分析中有多少基因以及它们如何被过滤，分析人员希望在模块定义中具有多大的选择性——有些人更喜欢只有高度相关基因的更紧凑的模块，其他人更喜欢将尽可能多的基因分配给模块。我认为灰色基因的数量没有“正确”或“错误”之分，至少在不了解更多关于如何进行分析的情况下是这样。