postgresql - 将数据从 postgres 导入到 cytoscape

我一直在尝试将一些 gis 数据从 postgis 数据库加载到 Cytoscape 3.6 中。我正在尝试获取一些我使用 sif 文件格式的 inDegree 和 outDegree 值。

只要按照以下格式写出数据

source_point\t 与\ttarget_point 交互

Cytoscape 很高兴阅读它。

我只是想知道是否有我自己的指标来衡量在 source_point 和 target_point 之间的成本

标签： postgresqlcytoscape

当然！有几种方法可以将文本文件读入 Cytoscape——SIF 只是其中之一。我会创建一个看起来像 SIF 的文件，但实际上是一个更完整的文本文件：

Source\tTarget\tScore
source_point\ttarget_point\t1.1
...

然后使用“文件->导入网络->文件”，选择您的源和目标并将分数作为边缘属性。您可以在每条线上拥有任意数量的属性，甚至可以混合边缘属性、源节点属性和目标节点属性。

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