r - 如何使用ggplot绘制每行的标准偏差线

Question

我想用每行的中位数（不是列！）（第一列的值除外）绘制一个图表，标准差为误差条。结果应该类似于：

我有一个这样的数据框：

myTable <- "
        1     -50     -52
        2     -44     -51
        3     -48     -50
        4     -50     -49
        5     -44     -49
        6     -48     -49
        7     -48     -49
        8     -44     -48
        9     -49     -48
       10     -48     -45
       11     -60     -48
       10     -50     -48
       11     -80     -47"
df <- read.table(text=myTable, header = TRUE)
df <- c("ID","Value1","Value2");

我的数据存储在 .csv 文件中，我使用以下行加载该文件：

df <- read.csv(file="~/path/to/myFile.csv", header=FALSE, sep=",")

标签： rplotggplot2graphstandard-deviation

Answer 1

下面的代码创建了一个辅助函数来为绘图提供中值和 sd 值。我们还在绘图之前将数据转换为“长”格式。

library(tidyverse)
theme_set(theme_bw())

df <- read.table(text=myTable, header = TRUE)
names(df) <- c("ID","Value1","Value2")

median_sd = function(x, n=1) {
  data_frame(y = median(x),
             sd = sd(x),
             ymin = y - n*sd,
             ymax = y + n*sd)
}

ggplot(df %>% gather(key, value, -ID), aes(ID, value)) +
  stat_summary(fun.data=median_sd, geom="errorbar", width=0.1) +
  stat_summary(fun.y=median, geom="line") +
  stat_summary(fun.y=median, geom="point") +
  scale_x_continuous(breaks=unique(df$ID))

您可以使用以下代码避免使用辅助函数，但如果您要经常这样做，该函数很方便。

ggplot(df %>% gather(key, value, -ID), aes(ID, value)) +
  stat_summary(fun.y=median, fun.ymin=function(x) median(x) - sd(x), 
               fun.ymax=function(x) median(x) + sd(x), geom="errorbar", width=0.1) +
  stat_summary(fun.y=median, geom="line") +
  stat_summary(fun.y=median, geom="point") +
  scale_x_continuous(breaks=unique(df$ID))