r - 在 Rgraphviz 中设置子图/集群属性

Question

我想通过 Rgraphviz 绘制图表，但我无法处理我设置的集群的设计属性。

SO和其他地方已经有类似的问题，但没有一个真正的最小工作示例，并且没有一个得到回答。所以我想尝试提出一个完整的问题以获得完整的答案。作为对该软件包的介绍，我阅读了Gentry、Gentleman 和 Huber的论文“How To Plot A Graph Using Rgraphviz”。

我的示例网络：

library(Rgraphviz)

set.seed(123)
V <- letters[1:6]
M <- 1:4
g1 <- randomGraph(V, M, 0.2)

如果我想绘制它，我可以很容易地通过列表给它一些属性：

attributes <- list(node = list(shape = "rectangle", fixedsize = FALSE), 
              graph = list(layout = "dot", bgcolor = "transparent"))

plot(g1, attrs = attributes )

通过绘制它plot(g1)会得到以下结果：

现在我想定义两个集群/子图。这可以通过以下方式完成：

sg1= subGraph(c("a", "e", "f"), g1)
sg2= subGraph(c("b", "c", "d"), g1)
subGList <- vector(mode = "list", length = 2)
subGList[[1]] <- list(graph = sg1, cluster = TRUE)
subGList[[2]] <- list(graph = sg2, cluster = TRUE)

现在再次绘制图形，包括一个subGlist参数：

plot(g1, attrs = attributes , subGList = subGList)

因此，显然，设置发生了变化，即使将集群分开一点会很方便，但结果还可以。

现在，如果我想定义特定于集群的样式或尝试将它们框起来，我就会遇到问题。根据上述介绍性论文的第 4 页，可以简单地将一个名为的元素添加attrs到subGlist.

据我了解，它应该以这种方式工作：

subGList[[1]] <- list(graph = sg1,
                      cluster = TRUE,
                      attrs = c(fontcolor = "red"))

plot(g1, attrs = attrs, subGList = subGList)

不幸的是，事实并非如此。如前所述，我想构建我的集群（类似于this SO post），但由于我什至无法处理集群的字体颜色，我认为我犯了一个更根本的错误。

我的完整代码：

library(Rgraphviz)

set.seed(123)
V <- letters[1:6]
M <- 1:4
g1 <- randomGraph(V, M, 0.2)

attributes <- list(node = list(shape = "rectangle", fixedsize = FALSE), 
                   graph = list(layout = "dot", bgcolor = "transparent"))

#plot(g1, attrs = attributes )

sg1= subGraph(c("a", "e", "f"), g1)
sg2= subGraph(c("b", "c", "d"), g1)
subGList <- vector(mode = "list", length = 2)
subGList[[1]] <- list(graph = sg1, cluster = TRUE)
subGList[[2]] <- list(graph = sg2, cluster = TRUE)

#plot(g1, attrs = attributes , subGList = subGList)

subGList[[1]] <- list(graph = sg1,
                      cluster = TRUE,
                      attrs = c(fontcolor = "red"))

plot(g1, attrs = attrs, subGList = subGList)

我希望有人能帮帮忙！谢谢

标签： rgraphgraphvizr-graphviz