python-hypothesis - 当行元组具有不同的数据类型时,对假设生成的数据帧进行排序
问题描述
我想创建 End 大于 Start 的数据框。
我这样做:
from hypothesis.extra.pandas import columns, data_frames, column
import hypothesis.strategies as st
positions = st.integers(min_value=0, max_value=int(1e7))
strands = st.sampled_from("+ -".split())
data_frames(columns=columns(["Start", "End"], dtype=int),
rows=st.tuples(positions, positions).map(sorted)).example()
这使
Start End
0 589492 6620613
1 5990807 8083222
2 252458 8368032
3 1575938 5763895
4 4689113 9133040
5 7439297 8646668
6 838051 1886133
但是,我想将第三列 Strand 添加到数据中,如使用上述策略生成的那样。然后这停止工作:
data_frames(columns=columns(["Start", "End", "Strands"], dtype=int),
rows=st.tuples(positions, positions, strands).map(sorted)).example()
它给出了错误
TypeError: '<' not supported between instances of 'str' and 'int'
这是由于 int 和 strs 的元组排序。我该如何解决?
我可以要求假设生成一个带有 pos、pos、strand_int 的数据帧,其中 strand_int 为 0 或 1,并在测试中将其转换为“-”或“+”,但感觉很恶心。
解决方案
最佳方法
better_dfs_min = data_frames(index=range_indexes(min_size=better_df_minsize),
columns=[column("Chromosome", chromosomes_small),
column("Start", elements=small_lengths),
column("End", elements=small_lengths),
column("Strand", strands)])
@st.composite()
def dfs_min(draw):
df = draw(better_dfs_min)
df.loc[:, "End"] += df.Start
return df
@given(df=dfs_min())
def test_me(df):
print(df)
assert 0
第一次尝试:
from hypothesis.extra.pandas import columns, data_frames, column
import hypothesis.strategies as st
def mysort(tp):
key = [-1, tp[1], tp[2], int(1e10)]
return [x for _, x in sorted(zip(key, tp))]
positions = st.integers(min_value=0, max_value=int(1e7))
strands = st.sampled_from("+ -".split())
chromosomes = st.sampled_from(elements=["chr{}".format(str(e)) for e in list(range(23)) + "X Y M".split()])
data_frames(columns=columns(["Chromosome", "Start", "End", "Strand"], dtype=int), rows=st.tuples(chromosomes, positions, positions, strands).map(mysort)).example()
结果:
Chromosome Start End Strand
0 chr13 5660600 6171569 -
1 chrY 3987154 5435816 +
2 chr11 4659655 4956997 +
3 chr14 239357 8566407 +
4 chr3 3200488 9337489 +
5 chr8 304886 1078020 +
必须有比实现自己的排序更好的方法...我的排序取决于 Start 和 End 中的整数介于 0 和 int(1e10) - 1 之间,这感觉很恶心。
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