时间戳

首页 > 解决方案 > 如何使用 SLURM 集群的远程分区连接/使用 MySQL？

mysql - 如何使用 SLURM 集群的远程分区连接/使用 MySQL？

问题描述

我正在尝试使用 Orthomcl，其中包括在 Linux 中使用 MySQL。我可以访问大学范围内的集群，该集群设置有一个基本登录界面，用于非常小的命令（<5 分钟，内存不足）和多个远程分区，我只能通过 SLURM 与之交互。这些分区没有交互式命令。

我没有 sudo 权限，所以我安装了本地版本的 MySQL，并且能够通过登录和其他侦听端口打开 MySQL 连接（这些最终都通过登录运行）。

我暂时摆脱了这个问题，并达到了将一个大表（~140GB）加载到我的 orthomcl 数据库中的地步。然而，当我开始集群时，IT 终于抓住了我，而且夹具已经启动！但是他们没有时间帮助我找到在任何其他分区上运行 MySQL 的方法......我需要在其他分区之一上运行我的资源密集型命令，但我不知道如何在没有直接的情况下执行此操作命令行访问或使用 SLURM 语法。

有任何想法吗？我只是一个笨手笨脚的生物学家。

标签： mysqlslurm

解决方案

如果将来有人遇到这种情况，我找到了一种解决方法。同样，我在笨手笨脚，所以我保证这不是最佳实践，但它对我有用。

首先，我将 .cnf 和 .config 文件中的端口更改为集群上的非登录监听端口。

我使用批处理脚本从 WSU 的这个优秀资源的非登录分区上启动 MySQL 实例：https : //hpc.wsu.edu/programmers-guide/running-databases/ 我无法运行 orthomcl 命令在这个里面，所以我只是在故障安全停止点之后切断它。

批量启动.sh

我得到了它在 slurm 输出文件中分配的分区节点的名称，然后我检查它是否在日志文件中打开并使用

srun --nodelist=nodename mysqladmin -S /path/to/special/socket -P port -u root status

然后我可以像平常一样访问和使用该分区

screen srun -p batchpartition --time=d-hh:mm:ss --nodelist=nodename orthomclLoadBlast orthomcl.config similarSequences.txt

OrthoMCL 特定：确保您记得在 orthomcl.config 文件中更改您的端口！

希望有一天有人会提供更好的答案，但这可能会在紧要关头。

推荐阅读