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python - 带有 .nii.gz 文件的医学成像 (PyRadiomics)

问题描述

我正在尝试实施该软件包：

https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

它看起来超级简单，但他们需要 .nrrd文件。我的文件是.nii.gz。我该如何解决这个问题？另外，有没有人尝试在 TCIA 数据上应用 PyRadiomics？如果是这样，我可以看看你的 github 或 Jupyter Notebook 吗？

非常感谢。

标签： pythonimagemedicalnifti

解决方案

You could turn NII into numpy array firstly and then turn it into NRRD with using:

nrrd and nibabel

import numpy as np
import nibabel as nib
import nrrd

# Download NII
example_filename = "image.nii.gz"
image = nib.load(example_filename)

# Turn into numpy array
array = np.array(img.dataobj)

# Save NRRD
nrrd_path_to = "image.nrrd"
nrrd.write(image_path_to, array)

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