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r - 从 R 中的 HGVS 格式中分离特定字符串

问题描述

我正在尝试将 ">" 符号之前和之后的特定字符串与 HGVS 短突变格式分开，示例如下：

"p.1258_1259EE>E"       "p.286_287RR>R"         "p.57_58KK>K"           "p.287_288AA>A"

我想要实现的是从第一个字符串“p.1258_1259EE>E”中说，我可以得到以下信息：

starting_position    end_position    initial_aa    mutant_aa
1258                 1259            EE            E
286                  287             RR            R
57                   58              KK            K

似乎比我最初想象的要复杂一些。希望这里有人可以提供帮助。谢谢，童童

标签： rmutation

解决方案

如果模式相同，则可以base R选择将字符串格式化sub为引入一个共同点sep并将其用于read.csv

df1 <- read.csv(text= sub("^[^0-9]+([0-9]+)_([0-9]+)([A-Z]+)>([A-Z]+)", 
    "\\1,\\2,\\3,\\4", v1), header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE, 
    col.names = c('starting_position', 'end_position', 'initial_aa', 'mutant_aa'))
df1
#   starting_position end_position initial_aa mutant_aa
#1              1258         1259         EE         E
#2               286          287         RR         R
#3                57           58         KK         K
#4               287          288         AA         A

数据

v1 <- c("p.1258_1259EE>E", "p.286_287RR>R", "p.57_58KK>K",  "p.287_288AA>A")

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