时间戳

首页 > 解决方案 > 尝试向 NMDS 添加置信椭圆会产生错误“cov.wt(X, W) 中的错误：‘x’必须仅包含有限值”

r - 尝试向 NMDS 添加置信椭圆会产生错误“cov.wt(X, W) 中的错误：‘x’必须仅包含有限值”

问题描述

我正在尝试使用 vegan 包和函数“ordiellipse”将 95% 置信椭圆添加到 NMDS 图，并不断收到相同的错误消息。任命看起来像这样：

microcosm_nmds <- ordinate(physeq = physeq_bac1, method = "NMDS", distance = "bray")

plot_ordination(
  physeq = physeq_bac1,
  ordination = microcosm_nmds,
  color = "day",
  shape = "location",
  title = "NMDS of Microcosm bacterial Communities"
) + 
  scale_color_manual(values = c("red", "#ffae19",
                              "#4daf4a", "#1919ff", "darkorchid3", "magenta")
  ) +
  geom_point(aes(color = day), alpha = 0.7, size = 4) +
  geom_point(colour = "grey90", size = 1.5)

我尝试使用的椭圆代码是：

ordiellipse(microcosm_nmds, groups = "day", display = "sites", kind = "sd", conf = 0.95, col = "black", w = NULL)

执行此操作时，我不断收到一条错误消息，提示“cov.wt(X, W) 中的错误：'x' 必须仅包含有限值”，我不知道为什么。数据中没有 NA 或缺失值，并且排序工作正常。我只能猜测它与样本权重有关吗？但我不确定。任何帮助都将不胜感激。

谢谢！

标签： rplotconfidence-intervalveganphyloseq

解决方案

推荐阅读