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r - 在 RStudio 中运行 cron 作业

问题描述

我正在尝试通过 RStudio 在 EC2 实例上安排 cron 作业。
当我使用具有非常基本功能的基本脚本时，它可以正常工作。但是，当我想安排一个包含特定 R 包中的 R 函数的脚本时，脚本会失败。

我的 cron 看起来像这样：

MAILTO="myemail@adress.com"
36 * * * * /home/user1/Test_for_Cron.R

脚本启动后，我收到一封来自 Cron Daemon 的电子邮件，其中指定了以下内容：

R_function中的错误：找不到函数R_function
执行停止

根据我的发现，似乎我必须指定我想在 RStudio 中运行脚本，或者我想“获取”它。
我觉得答案可能在下面这 3 个帖子的组合中，但在测试了一些建议后我没有找到解决方案：

检查 R 是否在 RStudio
Cron 作业中运行 R 脚本失败
R 命令将工作目录设置为 Rstudio 中的源文件位置

非常感谢帮助！

标签： rcronrstudio

解决方案

您误解了cronshell 命令的工作原理——R 文件不可执行（除非您对其进行更改，请参见下文）。

但是如果你只是在它前面加上Rscript你可以 1. 在你的 shell 中测试它直到它工作 2. 让它cron执行

36 * * * * Rscript /home/user1/Test_for_Cron.R

编辑：如果你做两件事，你可以让它可执行：

  • 添加shebang一行#!/usr/bin/Rscript（或任何路径Rscript）
  • 将模式更改为可执行，通过chmod 755 Test_for_Cron.R它为您（所有者）设置读/写/执行，为组和其他人设置读/执行。

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