时间戳

首页 > 解决方案 > 当您对每种治疗有不同的 n 时使用 tapply

r - 当您对每种治疗有不同的 n 时使用 tapply

问题描述

我是一名 R 初学者，试图将我的数据拟合到非线性回归中。具体来说，我想将不同温度下昆虫发育的速率拟合为幂函数。下面是我的代码，修改自本页底部的示例： https://docs.tibco.com/pub/enterprise-runtime-for-R/3.1.0/doc/html/Language_Reference/stats/selfStart。 html

您应该能够将下面的代码粘贴到 R 中以获取我得到的内容。

LarvaeDevelopment <- structure(list(Larvae_temp = c(10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L), 
Larvae_rate = c(0.047757234, 0.04174518, 0.04174518, 0.04174518, 0.04174518, 0.04174518)), .Names = c("Larvae_temp", "Larvae_rate"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")


    SSpower<-(selfStart(~A*(Larvae_temp^B),
                initial=function(mCall,data,LHS)
                {xy<-sortedXyData(mCall[["Larvae_temp"]],mCall[["Larvae_rate"]],LarvaeDevelopment) ##I think the error appears in this line of code, or the one below
                z<-xy[["Larvae_rate"]]
                aux<-coef(lm(Larvae_temp~z,LarvaeDevelopment))
                pars<-as.vector(coef(nls(Larvae_rate~A*(Larvae_temp^B))),start=list(A=aux[1],B=aux[2]),data=LarvaeDevelopment,algorithm="power")
                value<-list(pars[1],pars[2])
                names(value)<-mCall[c("A","B")]
                value},
                parameters=c("A","B")))
    getInitial(Larvae_rate ~ SSpower(Larvae_temp, A, B), data=LarvaeDevelopment)

当我显示回溯时，这些是出现的步骤：

     Error in tapply(y, x, mean, na.rm = TRUE) : arguments must have same length 
    9. stop("arguments must have same length") 
    8. tapply(y, x, mean, na.rm = TRUE) 
    7. sortedXyData.default(mCall[["Larvae_temp"]], mCall[["Larvae_rate"]], 
LarvaeDevelopment) 
    6. sortedXyData(mCall[["Larvae_temp"]], mCall[["Larvae_rate"]], 
LarvaeDevelopment) 
    5. (attr(object, "initial"))(mCall = mCall, data = data, LHS = LHS) 
    4. getInitial.selfStart(func, data, mCall = as.list(match.call(func, 
call = object[[3L]])), LHS = object[[2L]], ...) 
    3. getInitial(func, data, mCall = as.list(match.call(func, call = object[[3L]])), 
LHS = object[[2L]], ...) 
    2. getInitial.formula(Larvae_rate ~ SSpower(Larvae_temp, A, B), 
data = LarvaeDevelopment) 
    1. getInitial(Larvae_rate ~ SSpower(Larvae_temp, A, B), data = LarvaeDevelopment)

我认为问题可能来自每个治疗的 n 不相等的事实。例如，对于温度 10、15、20、30，n = 58,165,113,26。对应的 y 值 (Larvae_rate) 与每个 x 值 (Larvae_temp) 匹配。有人知道如何解决这个问题吗？

如果有人可以查看我的代码并查看它是否有意义，我也会非常感激！我对 R 还是很陌生，调试这段代码已经占据了我的生活。

如果我能提供更多信息，请告诉我。谢谢！！

标签： rnlstapply

解决方案

我已经编辑所以现在LarvaeDevelopment存在，我们可以重现您的问题。

简短回答：您的 SSpower 对象在其Initial功能中有几个错误和不一致之处：不应使用您的全局数据对象，而应仅使用其参数，公式不应使用Larvae_tempbutx等。

您还引用了一个相对较旧版本的 R (3.1.0) 的基于 tibco 的镜像，并且当前版本的 R 有一个稍微更新的 selfStart 帮助页面。

我们确实需要另一个志愿者来重写您的定义SSpower，但请相信我在 R-devel 上对您的回答：当参差不齐的数组中的“元素”数量不同时，tapply确实有效！例如，

grps <- as.factor(c(3,5,3,3,6:5))
tapply(1:6, grps, sum)

分别显示 3 和 8,8,5 的 3 和 2 和 1 元素：

3 5 6 
8 8 5

推荐阅读