r - 过滤较大数据帧的搜索条件失败

Question

我正在尝试确定患者对特定医疗的依从性，但我编写的函数（使用 apply）仅适用于少于 ~100 行的数据帧。

我有两个相关的数据框，我在此处对其进行了精简以保护患者数据：“建议”，其中包含由唯一患者识别号 (UID) 索引的治疗建议条目

> head(Advice)
# A tibble: 6 x 4
# Groups:   UID [3]
       UID eyepartid Proctype     entereddatetime    
     <dbl> <chr>     <chr>        <dttm>             
1 11556127 1         Retina Laser 2017-06-14 12:54:18
2 11556127 2         Retina Laser 2017-06-14 12:54:18
3  2680380 2         Retina Laser 2017-06-14 10:40:22
4  2680380 1         Retina Laser 2017-06-14 10:40:22
5 11275381 2         Retina Laser 2017-06-14 13:01:04
6 11275381 1         Retina Laser 2017-06-14 13:01:04

和“治疗”，其中包含记录患者何时真正接受建议的治疗的条目，并且还按 UID 进行索引。

>head(Treatment)
# A tibble: 6 x 4
       UID eyepartid lasertype               entereddatetime    
     <dbl>     <dbl> <chr>                   <dttm>             
1 11333944         1 Retina Laser Laser Type 2017-04-21 12:42:49
2 12022346         1 Yellow                  2017-11-01 09:18:42
3 12123496         2 Green                   2017-11-20 16:11:43
4 12291214         1 Yellow                  2017-12-23 10:21:45
5 11005906         2 Yellow                  2017-12-23 13:13:48
6 12341193         2 Green                   2018-01-19 09:12:26

作为一个非常粗略的估计，我想做的第一个分析是查看有多少次患者在医生建议治疗后的 30 天内来访（因为大多数建议需要 3 次治疗）。

为了实现这一点，我使用了这种简单且可能效率低下的算法来将新列附加到建议数据框：

Advice$treatments <- apply(Advice, 1, 
function(x) {

  # get date of the advice entry
  AdvisedDay <- x["entereddatetime"]

  # take the subset of Treatment that has the correct UID and is within 30 days 
  ## of the advice entry
  TreatSubset <- filter(UID_Treatment, UID == x["UID"], 
  (difftime(Treatment$entereddatetime, AdvisedDay, units = "days") <= 30)) 

  #return the number of rows in TreatSubset
  nrow(TreatSubset)
})

我正在苦苦挣扎的是，当我head(Advice) 在 Advice 数据帧的任何切片 < 100 行上调用它时，该算法工作得很好，但是当我在整个 Advice 数据帧上调用它时，每行都返回零。

例如：

adviceToy <- Advice[1:10, ]

*在adviceToy上运行上述函数*

>adviceToy
# A tibble: 10 x 5
# Groups:   UID [7]
        UID eyepartid Proctype     entereddatetime     treatments
      <dbl> <chr>     <chr>        <dttm>                   <int>
 1 11556127 1         Retina Laser 2017-06-14 12:54:18          3
 2 11556127 2         Retina Laser 2017-06-14 12:54:18          3
 3  2680380 2         Retina Laser 2017-06-14 10:40:22          0
 4  2680380 1         Retina Laser 2017-06-14 10:40:22          0
 5 11275381 2         Retina Laser 2017-06-14 13:01:04          1
 6 11275381 1         Retina Laser 2017-06-14 13:01:04          1
 7 11557272 3         Retina Laser 2017-06-14 14:22:53          2
 8 11492720 2         Retina Laser 2017-06-14 13:04:41          2
 9 11030362 3         Retina Laser 2017-06-14 15:27:36          2
10 11244084 3         Retina Laser 2017-06-14 17:06:16          0

这是预期的输出。但...

*现在在完整的建议数据帧上运行功能* *没有警告消息*

>Advice
# A tibble: 6 x 5
# Groups:   UID [3]
       UID eyepartid Proctype     entereddatetime     treatments
     <dbl> <chr>     <chr>        <dttm>                   <int>
1 11556127 1         Retina Laser 2017-06-14 12:54:18          0
2 11556127 2         Retina Laser 2017-06-14 12:54:18          0
3  2680380 2         Retina Laser 2017-06-14 10:40:22          0
4  2680380 1         Retina Laser 2017-06-14 10:40:22          0
5 11275381 2         Retina Laser 2017-06-14 13:01:04          0
6 11275381 1         Retina Laser 2017-06-14 13:01:04          0

现在，相同的函数返回全零进行治疗。

关于什么可能是这个问题的根源的任何想法？

注意：我已经清理了任何 NA 或 NULL 值的数据

编辑：添加了一些示例代码。此外，我注意到我的 Advised 数据框附加了一些属性

标签： rdataframedplyr