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bash - 从文件中读取并将其传递给另一个命令

问题描述

我有一个包含命令输入的两列制表符分隔文件。

输入文件如下所示：

 2795.bam   2865.bam
 2825.bam   2865.bam
 2794.bam   2864.bam

命令行是：

macs2 callpeak -t trt.bam -c ctrl.bam -n Macs.name.bam --gsize hs --nomodel

其中 trt.bam 是第 1 列中的文件名，而 ctrl.bam 是 col2 中的文件名。

我试图从输入文件中读取这些值并运行它们。

为此，我正在执行以下操作：

cat temp | awk '{print $1 "\t" $2 }' | macs2 callpeak -t $1 -c $2 -n Macs.$1 --gsize hs --nomodel

这是失败的。我得到的错误是：

usage: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]]
                      [-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE,BEDPE}]
                      [-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES]
                      [--buffer-size BUFFER_SIZE] [--outdir OUTDIR] [-n NAME]
                      [-B] [--verbose VERBOSE] [--trackline] [--SPMR]
                      [-s TSIZE] [--bw BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal]
                      [--nomodel] [--shift SHIFT] [--extsize EXTSIZE]
                      [-q QVALUE | -p PVALUE] [--to-large] [--ratio RATIO]
                      [--down-sample] [--seed SEED] [--tempdir TEMPDIR]
                      [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL]
                      [--broad] [--broad-cutoff BROADCUTOFF]
                      [--cutoff-analysis] [--call-summits]
                      [--fe-cutoff FECUTOFF]
macs2 callpeak: error: argument -t/--treatment: expected at least one argument

在理想情况下，这应该采用如下输入：

macs2 callpeak -t 2795.bam -c 2865.bam -n Macs.2795 --gsize hs --nomodel

其中 Macs 是在 linux 上运行的独立软件。在目前的情况下，软件无法从文件中读取输入。

任何投入都深表感谢。

标签： bashawksed

解决方案

我相信您想要实现的是输入文件中所有行的循环。在 bash 中，您可以通过以下方式实现：

while read -r tfile cfile; do
   macs2 callpeak -t "$tfile" -c "$cfile" -n "Macs.$tfile" --gsize hs --nomodel
done < "input_file.txt"

请参阅：https : //mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001（cfr. Sundeep 的评论）

原答案：

while read -a a; do
   macs2 callpeak -t "${a[0]}" -c "${a[1]}" -n "Macs.${a[0]}" --gsize hs --nomodel
done < "input_file.txt"

input_file.txt这将逐行读取输入文件并将其存储在名为ausing的 bash 数组中read -a a。从那时起，您将使用变量${a[0]}和${a[1]}.

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