bash - 在当前工作目录中找不到文件

Question

我有一个非常基本的问题。我正在尝试运行 STAR 将一些读数与测序实验对齐。我有大约 30 个样品。我首先根据源样本将 fast.gz 文件拆分为 30 个文件夹。换句话说，在与 Sample* 对应的每个文件夹中，有 4 个名为 *.fastq.gz 的文件（4 个是因为 4 个通道）。我正在尝试以这种方式在每个文件夹中循环 STAR：

for i in Sample*/;
do
cd $i;
qsub my_align_script.sh;
cd ..; done

其中 my_align_script.sh 包含以下内容：

for i in *fastq.gz; do
STAR  --runMode alignReads --genomeLoad  LoadAndKeep --readFilesCommand zcat --outSAMtype BAM Unsorted --genomeDir "path" --readFilesIn $i ${i%.fastq.gz}.fastq.gz --runThreadN 10 --outFileNamePrefix ${i%.fastq.gz}
done

但不幸的是，它似乎没有找到任何 *fast.gz 文件。

我试图强制查看每个 Sample* 文件夹的当前工作目录，在开头指定 cd $path 但当我运行 for 循环以在文件夹上启动作业时什么也没有。

标签： bashbioinformaticsworking-directory