r - 比较 R 中的层次聚类
问题描述
我正在使用包dendextend
和函数cor_cophenetic
来计算 6 个层次集群之间的共同距离。其中 R 输出它们之间的相关性。
目前我使用的代码很简单:
cor_cophenetic(hcr1,hcr2)
cor_cophenetic(hcr1,hcr3)
cor_cophenetic(hcr1,hcr4)
cor_cophenetic(hcr1,hcr5)
cor_cophenetic(hcr1,hcr6)
cor_cophenetic(hcr2,hcr3)
:
:
cor_cophenetic(hcr4,hcr6)
cor_cophenetic(hcr5,hcr6)
它单独输出相关性。
我知道有一个功能outer
可以做到这一点,但我不确定如何将此命令合并到其中。我试图将输出作为 15x15 矩阵。
这也只是计算相关性。有什么方法可以直观地比较两个树状图吗?
解决方案
进一步阅读后,我发现虽然cor_cophenetic()
一次不能处理两个以上的树状列表元素,但cor.dendlist()
可以并且将计算共生相关性(除其他外),这使事情变得简单得多。
names(dend.l) <- met
round(cor.dendlist(dend.l), 4)
# complete single average centroid
# complete 1.0000 0.4925 0.6044 0.4822
# single 0.4925 1.0000 0.9851 0.9959
# average 0.6044 0.9851 1.0000 0.9871
# centroid 0.4822 0.9959 0.9871 1.0000
cor_cophenetic()
使用示例数据的原始答案:
我不认为你可以outer()
为此工作,因为它需要一个原子类型的对象(向量、矩阵或数组)。我们将不得不使用expand.grid()
和滚动我们自己的apply()
。
library(dendextend)
library(magrittr)
# example data
set.seed(23235)
ss <- sample(1:150, 10 )
dend.l <- dendlist()
met <- c("complete", "single", "average", "centroid")
for (i in 1:length(met)) {
dend <- iris[ss,-5] %>% dist %>% hclust(met[i])
dend.l[[i]] <- as.dendrogram(dend)
}
ind <- expand.grid(1:length(dend.l), 1:length(dend.l))
# turns out cor_cophenetic has a method for dendlist where you can
# specify which elements you want to compare. Simplifies things a little
v <- apply(ind, 1, function(x) cor_cophenetic(dend.l, x))
m <- matrix(v, length(dend.l))
dimnames(m) <- list(met, met)
round(m, 4)
# complete single average centroid
# complete 1.0000 0.4925 0.6044 0.4822
# single 0.4925 1.0000 0.9851 0.9959
# average 0.6044 0.9851 1.0000 0.9871
# centroid 0.4822 0.9959 0.9871 1.0000
如您所见,矩阵是对称的,所以我们可以combn()
不用 代替expand.grid
,这只会给我们一个三角形。
至于在视觉上比较两个树状图,请查看比较两个树状图的 Dendextend 介绍部分。
推荐阅读
- c++ - 从 kv 存储缓存元数据的最佳方法
- python - Python Selenium,即使元素是可交互的,输入字段也会返回 ElementNotInteractableException
- c# - Multilingual App Toolkit 是否与多目标框架兼容?
- c# - 当我尝试在单个文本框中显示数据库中的 3 条记录时,仅显示最后一条记录,而不是 asp.net 空框架中的前两条
- android - 如何在 koltin android 中使用 volley 获取 json
- css - 使用 em 无需应用除法
- javascript - 动态更新网页上的 div (flask)
- spring - org.hibernate.MappingException 在创建列名称与属性名称不同的实体管理器时
- html - 如何分别对齐导航栏元素
- kubernetes - 更改镜头指标时间段