r - devtools::test() 失败：依赖包 X 不可用

问题描述

相关问题：

我有两个自制包，A和B。B的某些功能依赖于A ，并且在其文件中包含 A，如下所示：DESCRIPTION

Depends: A

我有使用testthat编写的单元测试。加载B通常可以正常工作，并且手动运行测试（将代码作为一个块运行）可以正常工作。但是，尝试使用自动化测试devtools::test()失败：

>devtools::test()
Loading B
Error in (function (dep_name, dep_ver = NA, dep_compare = NA)  : 
  Dependency package A not available.

我不知道如何开始调试它，因为它在自己的环境等中运行，所以我什至无法打印任何东西。我怀疑有.libPaths()问题，但无法确认。

我不知道如何最小化重现问题，并且我无法共享代码，因为它是专有的。

traceback()称呼：

> traceback()
6: stop("Dependency package ", dep_name, " not available.")
5: (function (dep_name, dep_ver = NA, dep_compare = NA) 
   {
       if (!requireNamespace(dep_name, quietly = TRUE)) {
           stop("Dependency package ", dep_name, " not available.")
       }
       if (xor(is.na(dep_ver), is.na(dep_compare))) {
           stop("dep_ver and dep_compare must be both NA or both non-NA")
       }
       else if (!is.na(dep_ver) && !is.na(dep_compare)) {
           compare <- match.fun(dep_compare)
           if (!compare(as.numeric_version(getNamespaceVersion(dep_name)), 
               as.numeric_version(dep_ver))) {
               warning("Need ", dep_name, " ", dep_compare, " ", 
                   dep_ver, " but loaded version is ", getNamespaceVersion(dep_name))
           }
       }
       return(TRUE)
   })(dots[[1L]][[5L]], dots[[2L]][[5L]], dots[[3L]][[5L]])
4: mapply(check_dep_version, deps$name, deps$version, deps$compare)
3: load_depends(pkg)
2: load_all(pkg, quiet = TRUE)
1: devtools::test()

sessionInfo()：

> sessionInfo()
R version 3.4.4 (2018-03-15)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Linux Mint 18.2

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8   
 [6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.17                          bindr_0.1.1                           xml2_1.2.0                           
 [4] magrittr_1.5                          roxygen2_6.0.1                        devtools_1.13.6                      
 [7] tidyselect_0.2.4                      R6_2.2.2                              rlang_0.2.1                          
[10] stringr_1.3.1                         plyr_1.8.4                            dplyr_0.7.6                          
[13] tools_3.4.4                           B_1.0                                 withr_2.1.2                          
[16] commonmark_1.5                        digest_0.6.15                         assertthat_0.2.0                     
[19] tibble_1.4.2                          bindrcpp_0.2.2                        purrr_0.2.5                          
[22] testthat_2.0.0                        memoise_1.1.0                         glue_1.3.0                           
[25] stringi_1.2.3                         compiler_3.4.4                        pillar_1.2.3                         
[28] pkgconfig_2.0.1

标签： runit-testingdevtoolstestthat

解决方案

debugonce()可以使用devtools::test()函数来调试情况。这允许对测试环境进行交互式调试。

调用installed.packages()显示没有问题，即软件包A和B安装在正确的路径中。

使用debugonce()，我追踪devtools::test()到devtools:::load_depends()失败并devtools:::check_dep_version()出现requireNamespace()以下错误：

Loading required namespace: A
Failed with error:  ‘object 'mutate' not found whilst loading namespace 'A'’

显然，某种涉及mutate()方法的隐藏命名空间错误。问题是quiet=TRUEtorequireNamespace()是打开的，并且不可更改，因此错误消息不会到达用户，将他们发送到错误的路径。

因此答案结果与我之前回答的上一个问题相似，只是没有意识到这种联系。

r - devtools::test() 失败：依赖包 X 不可用

问题描述

解决方案

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