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python - 在Python中搜索特定模式并删除一行中的模式

问题描述

我在每一行的开头都有特定的模式。我想删除那个特定的模式而不是 python 中的完整行。从实际文件中检索后，我的数据看起来像

>homo_seg-Val-abc-1-1
>homo_seg-Beg-cdf-2-1
>homo_seg-Try-gfh-3-2
>homo_seg-Fuss-cdh-3-1

在这里，我想从数据集中删除“>homo_seg-”并仅保留以下内容

Val-abc-1-1
Beg-cdf-2-1
Try-gfh-3-2
Fuss-cdh-3-1

我可以在 perl 中做到这一点

$new =~s/homo_seg-//g;

我的代码是：

import sys
inFile = sys.argv[1]
with open(inFile) as fasta:
    for line in fasta:
        if line.startswith('>'):
            header = line.split()
            t = header[0]

        import re  # from below answer

        regex = r">homo_seg-"

        subst = ""

        result = re.sub(regex, subst, t, 0, re.MULTILINE)
        print(result)

此代码仅给出最后一行的输出。我知道它的一些小错误，但无法拿起它。

标签： pythonpattern-matchingstr-replace

解决方案

尝试这个：

new_line = old_line[9:]

或者如果您想更加安全：

if old_line.startswith('homo_seg-') :
    new_line = old_line[9:]

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