python - 通过循环将数据从方程求解器写入文件仅输出最后 2 个元素
问题描述
我正在尝试解决写入文件的问题,时间从 0 -> 1000 以 100 为增量运行,但是当我运行脚本时,我一直只得到输出的最后 2 个元素。我认为循环存在问题,但我不确定。我希望所有数据都存在于 t=0 到 t=1000 之间,而不仅仅是最后的 2 个元素。可以在文件中看到,只记录了t=900和t=1000。似乎看不到要改变什么。
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.integrate import odeint
import pandas as pd
plt.ion()
plt.rcParams['figure.figsize'] = 10, 8
P = 0 # birth rate
d = 0.0001 # natural death percent (per day)
B = 0.0095 # transmission percent (per day)
G = 0.0001 # resurect percent (per day)
A = 0.0001 # destroy percent (per day)
# solve the system dy/dt = f(y, t)
def f(y, t):
Si = y[0]
Zi = y[1]
Ri = y[2]
# the model equations (see Munz et al. 2009)
f0 = P - B*Si*Zi - d*Si
f1 = B*Si*Zi + G*Ri - A*Si*Zi
f2 = d*Si + A*Si*Zi - G*Ri
return [f0, f1, f2]
# initial conditions
S0 = 500. # initial population
Z0 = 30 # initial zombie population
R0 = 60 # initial death population
y0 = [S0, Z0, R0] # initial condition vector
#looping over some time instead of integrating in one go.
t_a = 0
oput = 500
t_b = t_a + oput
delta_t = t_a + 100
tend = 1000
dfs=[]
while t_a < tend:
t_c = t_a + delta_t
t=[t_a,t_c]
y = odeint(f,y0,t,mxstep=10000) #Integrator
t_a = t_c
if(t_a > oput):
t_b = t_b +oput
S = y[:,0]
R = y[:,1]
Z = y[:,2]
dfs.append(pd.DataFrame({'t': t, 'Z': Z,'R': R}))
g=pd.concat(dfs,axis=0)
g.to_csv('example.csv',mode='w',index=False)
出现的另一个问题是我想将我的初始条件更改为求解器的最终元素:
S0 = S
R0 = R
Z0 = Z
y0 = [S0,R0,Z0]
但我遇到了这个错误:
ValueError: Initial condition y0 must be one-dimensional.
如果我想用循环中的弹出值更新初始条件,我该如何解决这个错误?
解决方案
您只有最后一个值,因为您在循环执行期间不输出任何内容,而只是在循环结束时输出。
为了解决你的问题,我会这样,留给odeint
循环时间步骤的任务,
In [21]: from scipy.integrate import odeint
In [22]: P, D, B, G, A = 0, 0.0001, 0.0095, 0.0001, 0.0001
In [23]: def fy(y, t):
...: Si, Zi, Ri = y
...: # the model equations (see Munz et al. 2009)
...: return P-B*Si*Zi-D*Si, B*Si*Zi+G*Ri-A*Si*Zi, D*Si+A*Si*Zi-G*Ri
In [24]: y0 = [500.0, 30.0, 60.0]
In [25]: res = odeint(fy, y0, [i*100.0 for i in range(11)], mxstep=1000)
In [26]: print('\n'.join(','.join('%+15.9f'%x for x in row) for row in res))
+500.000000000, +30.000000000, +60.000000000
+0.000000000, +525.356080701, +64.643919299
-0.000000000, +525.999298342, +64.000701658
+0.000000000, +526.636115893, +63.363884107
+0.000000000, +527.266597017, +62.733402983
+0.000000000, +527.890804714, +62.109195286
+0.000000000, +528.508801154, +61.491198846
+0.000000000, +529.120648555, +60.879351445
-0.000000000, +529.726408164, +60.273591837
-0.000000000, +530.326140479, +59.673859521
-0.000000000, +530.919905407, +59.080094593
如果要将 CSV 格式保存到文件,print
支持重定向到打开的文件,例如print(..., file=open('res.txt'))
重新“我遇到了这个错误”,你永远不会更新(至少在你显示的代码中)初始条件的值,所以很难猜测出了什么问题,但我想你使用了类似的y0 = y
,虽然它应该是y0 = y[1]
——如果你打印y
你就会明白为什么。
最后,据我所知,您的时间步长可能比期望的要长一些,因为第一个时间步长结束时的活人口为 0(更准确地说,2.72457580e-13
)并且您可能想要遵循过程而不是看它的最终结果。
附录
作为您评论的后续行动,您可以遍历结果、检查它们并采取适当的措施,例如
res = odeint(...)
for S, R, Z in res:
output_style = 0
if S<40 and R> 30 : output_style = 1
elif ............ : output_style = 2
....
output(S, R, Z, output_style)
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