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r - GSE 数据集中没有表达式值

问题描述

我正在尝试分析基因表达数据集 GSE113590，但我得到 Null expr 值。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GEOquery")
library(GEOquery)


gset <- getGEO("GSE113590", GSEMatrix =TRUE)
if (length(gset) > 1) idx <- grep("GPL20301", attr(gset, "names")) else idx <- 1
 gset <- gset[[idx]]

> str(exprs(gset))

 logi[0 , 1:32] 
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : NULL
  ..$ : chr [1:32] "GSM3109311" "GSM3109312" "GSM3109313" "GSM3109314" ...

在我的练习数据集中，

>gset1 <- getGEO("GSE46268", GSEMatrix =TRUE)
>if (length(gset1) > 1) idx <- grep("GPL570", attr(gset1, "names")) else idx <- 1
>gset1 <- gset1[[idx]]

> str(exprs(gset1))
 num [1:54675, 1:12] 9.29 9.25 11.32 10.66 6.07 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:54675] "1007_s_at" "1053_at" "117_at" "121_at" ...
  ..$ : chr [1:12] "GSM1127890" "GSM1127891" "GSM1127892" "GSM1127893" ...

我注意到我的数据没有表达式值？即..$ 为NULL。我该如何解决这个问题？

标签： rexpression

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