r - '错误：无法从已安装的包中找到函数 runmean'：caTools？

Question

我通过命令行安装了“caTools”R 包：

$ R
$ install.packages("caTools", lib="~/R/library")

然后，做了这个命令：

INPUT=/home/user/file.bam
OUTPUT=/home/user/file_cor.bam
Rscript run_spp_nodups.R -c=$INPUT -savp -out=$OUTPUT

并得到错误：

Error: could not find function "runmean"
Execution halted

函数'runmean'属于我安装的包'caTools'。R 版本是合适的，因为我机器中的 R 是 3.3.2 版本，而“caTools”取决于 R (≥ 2.2.0)。

'run_spp_nodups.R' 的 R 代码太大，无法粘贴到这里。我只显示带有 runmean 的部分：

# Smooth the cross-correlation curve if required
cc <- crosscorr$cross.correlation
crosscorr$min.cc <- crosscorr$cross.correlation[ length(crosscorr$cross.correlation$y) , ] # minimum value and shift of cross-correlation
cat("Minimum cross-correlation value", crosscorr$min.cc$y,"\n",file=stdout())
cat("Minimum cross-correlation shift", crosscorr$min.cc$x,"\n",file=stdout())
sbw <- 2*floor(ceiling(5/iparams$sep.range[2]) / 2) + 1 # smoothing bandwidth
cc$y <- runmean(cc$y,sbw,alg="fast")

发生了什么以及如何解决？

标签： r