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r - 使用 append() 合并后，rentrez 的摘要列表停止工作

问题描述

tl; dr：由 生成的摘要列表有什么不同rentrez，为什么所述列表在rentrez使用 合并后停止与其他函数一起使用append()？

我正在使用rentrez. 我可以毫无问题地搜索出版物和下载摘要。但是，摘要列表一定有一些我不理解的特殊之处，因为当我过去append()尝试合并列表时，事情就崩溃了。通过阅读文档，我无法弄清楚这种差异是什么。这是允许我毫无问题地搜索 Pubmed 和下载记录的代码：

# set search term and retmax
term_set <- '"Transcription, Genetic"[Mesh] AND "Regulatory Sequences, Nucleic Acid"[Mesh] AND 2017:2018[PDAT]'
retmax_set <- 500
# search pubmed using web history
search.l <- entrez_search(db = "pubmed", term = term_set, use_history = T)
# get summaries of search hits using web history 
for (seq_start in seq(0, search.l$count, retmax_set)) {
    if (seq_start == 0) {summary.l <- list()} 
    summary.l[[length(summary.l)+1]] <- entrez_summary(
        db = "pubmed", 
        web_history = search.l$web_history, 
        retmax = retmax_set, 
        retstart = seq_start
    )
}

但是，使用summary.l <- list()and thensummary.l[[length(summary.l)+1]] <- entrez_summary(...会产生一个摘要列表列表（在此搜索中为 3 个子列表）。这会导致for数据提取的后续步骤中出现多个循环（如下），并且是一种笨拙的数据结构。

# extract desired information from esummary, convert to dataframe
for (i in 1:length(summary.l)) {
    if (i == 1) {faut.laut.l <- list()}
    faut.laut <- summary.l[[i]] %>% 
        extract_from_esummary(
            c("uid", "sortfirstauthor", "lastauthor"), 
            simplify = F
        )
    faut.laut.l <- c(faut.laut.l, faut.laut)
}
faut.laut.df <- rbindlist(faut.laut.l)

在下面的代码中使用append()给出了所有 1334 个摘要的单个列表，避免了子列表。

# get summaries of search hits using web history 
for (seq_start in seq(0, search.l$count, retmax_set)) {
    if (seq_start == 0) {
        summary.append.l <- entrez_summary(
            db = "pubmed", 
            web_history = search.l$web_history, 
            retmax = retmax_set, 
            retstart = seq_start
        )
    } 
    summary.append.l <- append(
        summary.append.l,
        entrez_summary(
            db = "pubmed", 
            web_history = search.l$web_history, 
            retmax = retmax_set, 
            retstart = seq_start
        )
    )
}

但是，在后续步骤中extract_from_esummary()会引发错误，即使文档说明该参数esummaries应该是一个 esummary 对象列表。

# extract desired information from esummary, convert to dataframe
faut.laut.append.l <- extract_from_esummary(
    esummaries = summary.append.l,
    elements = c("uid", "sortfirstauthor", "lastauthor"), 
    simplify = F
)
Error in UseMethod("extract_from_esummary", esummaries) : 
no applicable method for 'extract_from_esummary' applied to an object of class "list"

faut.laut.append.df <- rbindlist(faut.laut.append.l)
Error in rbindlist(faut.laut.append.l) : 
object 'faut.laut.append.l' not found

产生少于 500 条记录的搜索可以在一次调用中完成，entrez_summary()并且不需要连接列表。结果，下面的代码有效。

# set search term and retmax
term_set_small <- 'kadonaga[AUTH]'
retmax_set <- 500
# search pubmed using web history
search_small <- entrez_search(db = "pubmed", term = term_set_small, use_history = T)
# get summaries from search with <500 hits
summary_small <- entrez_summary(
    db = "pubmed", 
    web_history = search_small$web_history, 
    retmax = retmax_set
)
# extract desired information from esummary, convert to dataframe
faut.laut_small <- extract_from_esummary(
    esummaries = summary_small,
    elements = c("uid", "sortfirstauthor", "lastauthor"), 
    simplify = F
)
faut.laut_small.df <- rbindlist(faut.laut_small)

为什么会append()破坏摘要，这可以避免吗？谢谢。

标签： rappendrentrez

解决方案

的文档extract_from_esummary对此有点混乱。它真正需要的是一个esummary对象或一个esummary_list. 因为esummary对象本身继承自一个列表，我认为我们不能轻易地extract_from_esummary处理任何抛出它的列表。我会修复文档，也许会考虑为对象提供更好的设计。

为了解决这个特殊问题，有一些修复。一，您可以重新分类摘要列表

class(summary.append.l) <- c("list", "esummary_list")
extract_from_esummary(summary.append.l, "sortfirstauthor")

应该做的伎俩。另一种选择是在进行任何附加之前提取相关数据。这与您的示例相似，越来越lapply少for

all_the_summs <- lapply(seq(0,50,5),  function(s) {
    entrez_summary(db="pubmed", 
                   web_history=search.l$web_history, 
                   retmax=5,  retstart=s)
})
desired_fields <- lapply(all_the_summs, extract_from_esummary, c("uid", "sortfirstauthor", "lastauthor"), simplify=FALSE)  
res <- do.call(cbind.data.frame, desired_fields)

希望提供前进的道路。

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