bioinformatics - 氨基酸使用与氨基酸身份

Question

我对“氨基酸使用”和“氨基酸身份”这两个术语有些困惑。如何计算氨基酸用量？我听说过“CodonW”。我们还有其他选择吗？

其次，我们可以使用氨基酸使用来建立系统发育关系，就像我们在氨基酸同一性中进行的那样？

谢谢

标签： bioinformaticsgenome

Answer 1

氨基酸使用或密码子使用/偏差是指一种或多种生物体中一种或多种蛋白质序列中存在的氨基酸频率的比较。不考虑蛋白质序列中氨基酸的位置。有关更多信息，请参阅：

https://en.wikipedia.org/wiki/Codon_usage_bias

氨基酸同一性或蛋白质序列比对是两个或多个序列之间的氨基酸比较，通常通过生物序列比对获得。仅在估计相关的氨基酸之间进行比较，例如。由共同祖先。看：

https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment

ExPASY 是一个不错的网站，可以搜索执行以下一项或两项任务的工具：

https://www.expasy.org/