r - 比较ggplot中的相关比例
问题描述
我的问题
我想使用mcnemar.test
和ggplot2
ggalluvial
我的测试数据:
df <- data.frame(timepoint=rep(0:2, each=10),response=c("A","A","A","A","A","A","A","A","B","B","A","A","A","A","A","A","A","B","B","B","A","B","B","B","B","B","A","A","B","B"),variable=rep(c("var1","var2"),each=5, 3), subject=rep(1:5,6))
df$timepoint <- factor(df$timepoint, level=c(1,0,2), labels=c("method_A","baseline","method_B"))
df %>% add_count(timepoint,variable,response) %>% add_count(timepoint,variable) %>% mutate(freq=n/nn*100) %>% mutate(total=1) -> df
我的情节:
ggplot(df,
aes(x = timepoint, stratum = response, alluvium = subject,
y = total,
fill = response, label = paste(freq,"%") )) +
geom_flow() +
geom_stratum(alpha = .5) +
geom_text(stat = "stratum", size = 3) +
theme(legend.position = "none") +
facet_grid(.~variable)
给我:
我试图得到什么:
现在我想添加括号来显示mcnemar.test
比较基线与方法 A 和 B 之间的依赖比例的结果(例如 p 值)。
stat_compare_means
我从ggpubr
(http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/76-add-p-values-and-significance-levels-to-ggplots/)想到了类似的东西. 但是,stat_compare_means
仅涵盖比较方法的方法,我如何比较比例?由于我的真实数据集非常大,我尝试找到一种方法将测试结果自动添加到 ggplot 中。
解决方案
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