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r - 如何使用引号运行系统命令

问题描述

我有一个像这样运行的 bash 命令：

esearch -db protein -query "AVA17449.1" | elink -target nuccore | efetch -format ft

但我想像这样在 R 中这样做（这不起作用）

output <- system("esearch -db protein -query "AVA17449.1" | elink -target nuccore | efetch -format ft")

在 R 中调用这个命令的正确方法是什么？

PS esearch 可以使用以下命令安装

cd ~
/bin/bash
perl -MNet::FTP -e \
    '$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1);
    $ftp->login; $ftp->binary;
    $ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'
gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -
rm edirect.tar.gz
builtin exit
export PATH=$PATH:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"
./edirect/setup.sh

标签： rlinuxbashsystem

解决方案

要么使用单引号：

cmd <- paste(c('esearch  -db protein -query "AVA17449.1"',
               'elink -target nuccore',
               'efetch -format ft'),
              collapse=" | ")

（这些paste(...,collapse=...)东西不是必需的，但可能会使您的代码更具可读性......）

或用反斜杠保护双引号：... -query \"AVA17449.\" ...

单引号可能更具可读性，但反斜杠可以在更复杂的情况下工作，您需要在字符串中使用两种引号......

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