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r - adehabitatHR locoh.k 孤儿洞

问题描述

我正在尝试使用优化 k 参数AdehabitatHR LoCoH.k.area，并且当拓扑无法生成多边形时它会停止运行。消息是：

rgeos_PolyCreateComment：孤立孔，在索引 12 处找不到包含孔的多边形。

我已经使用 LoCoH.k 完成了许多成功的单次运行，只有少数由于孤立洞而没有运行。

LoCoH.k.area即使先验产生一个孤立洞，是否可以继续循环遍历向量中指定的 k 值？

谢谢，珍妮

标签： radehabitathr

解决方案

您不能将LoCoH.k.area函数包装在tryCatch. 例如带krange = 5:9 参数的函数抛出：

rgeos::createPolygonsComment(oobj) 中的错误：rgeos_PolyCreateComment：孤立孔，在索引 6 处找不到包含孔的多边形

请看下面的代码：

library(adehabitatHR)
data(puechabonsp)
locs <- puechabonsp$relocs

## The call below throws an error
## LoCoH.k.area(locs[, 1], krange = 5:9)

pdf()
y <- sapply(5:9, function(x) tryCatch(
  expr = cbind(LoCoH.k.area(locs[, 1], krange = x), k = x), 
  error = function(e){}, 
  finally = NULL))

dev.off()
do.call(rbind, y)

输出：

     Brock    Calou     Chou     Jean k
1 25.21552 38.61693 83.37389 80.97771 8
2 27.37161 39.10789 86.45349 83.44156 9

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