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r - r中的铸造和熔化数据表

问题描述

我有以下数据表：

    CASEID VISIT AVWEIGHT med.corrected DLYDOSE DLYFREQ
 1:   1004    10     55.5    LISINOPRIL   20.00       2
 2:   1004    20     53.9    LISINOPRIL   10.00       1
 3:   1004    30     60.4    LISINOPRIL   10.00       1
 4:   1004    40     61.3    LISINOPRIL   10.00       1
 5:   1044    10     24.7    LISINOPRIL    2.50       1
 6:   1044    20     28.1    LISINOPRIL    2.50       1
 7:   1072    10     17.3    AMLODIPINE    2.50       1
 8:   1072    20     18.3   CANDESARTAN    2.00       1
 9:   1072    20     18.3    AMLODIPINE    1.25       1
10:   1072    30     20.9   CANDESARTAN    4.00       1
11:   1072    30     20.9    AMLODIPINE    2.50       1
12:   1072    40       NA   CANDESARTAN    4.00       1
13:   1072    40       NA    AMLODIPINE    2.50       1
14:   1072    60     29.6   CANDESARTAN    4.00       1
15:   1072    60     29.6    AMLODIPINE    2.50       1
16:   1072    70     34.1   CANDESARTAN    4.00       1
17:   1072    70     34.1    AMLODIPINE    2.50       1
18:   1072    80     42.0    LISINOPRIL    2.50       1
19:   1072    80     42.0    AMLODIPINE    2.50       1
20:   1072    90     49.8    AMLODIPINE    2.50       1
21:   1078    10     68.1    LISINOPRIL   20.00       1
22:   1092    10    108.4    LISINOPRIL   40.00       1
23:   1092    20    120.5    LISINOPRIL   40.00       1
24:   1092    30    131.5    LISINOPRIL   40.00       1
25:   1092    40    123.1    LISINOPRIL   40.00       1
26:   1096    10    129.3    AMLODIPINE   15.00       1
27:   1100    10     56.3    LISINOPRIL   10.00       1
28:   1100    20     72.8    LISINOPRIL   10.00       1
29:   1132    10     52.2    LISINOPRIL    5.00       1
30:   1132    20     52.3    LISINOPRIL    5.00       1

请注意，对于某些 CASEID/VISIT/AVWEIGHT 组合，有多种不同的药物（med.corrected），每种药物都有相应的 DLYDOSE 和 DLYFREQ（例如，参见第 8 行和第 9 行）。我知道在所有数据中，大约有 800 个独特的 CASEID，并且有大约 20 种不同的感兴趣的药物。

我想将其重新排列到一个 data.table 中，其标题如下所示。关键是每一行应该代表给定 VISIT 中给定 CASEID 的所有药物及其剂量信息：

CASEID VISIT AVWEIGHT med.corrected_1 med.corrected_2  med.corrected_3 ... med.corrected_20

每种药物的 DLYDOSE 值应在 med.corrected_1 到 med.corrected_20 的列中。

这可能很明显，但大多数患者对于上列中的大多数药物都会有 NA，因为他们可能只服用 1 或 2 种药物。不过，为了我的分析，我想按照上面的安排。我对 R 比较陌生，但已经查看了一些我认为最接近我的问题的教程和问题： 在 R 中使用具有不均匀长度的变量的熔化/铸造

我尝试过使用 cast 和 melt 但没有成功。

dt.m1=melt(dt, id=c("CASEID", "VISIT", "AVWEIGHT"))

然后...

dt.c1=dcast(dt.m1, CASEID + VISIT ~ variable, value.var="value")

以及这些函数的几个变体，但没有一个接近于创建额外的列并根据需要组织数据。

我将不胜感激任何帮助。

标签： rcastingreshape2melt

解决方案

这是使用tidyverse的解决方案：

图书馆（tidyverse）

> data <- data.frame(
+   CASEID =c(1004,1004,1004,1004,1004,1004,1004,1072,1072,1072),
+   VISIT =c(19,20,30,40,10,20,10,20,20,30),
+   AVWEIGHT =c(5 .... [TRUNCATED] 

> spread(data, med.corrected, DLYDOSE)
  CASEID VISIT AVWEIGHT DLYFREQ AMLODIPINE CANDESARTAN LISINOPRIL
1   1004    10     17.3       1       2.50          NA         NA
2   1004    10     24.7       1         NA          NA        2.5
3   1004    19     55.5       2         NA          NA       20.0
4   1004    20     28.1       1         NA          NA        2.5
5   1004    20     53.9       1         NA          NA       10.0
6   1004    30     60.4       1         NA          NA       10.0
7   1004    40     61.3       1         NA          NA       10.0
8   1072    20     18.3       1       1.25           2         NA
9   1072    30     20.9       1         NA           4         NA
>

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