r - 在不同的情节中，一致的可变颜色

Question

factoextra在使用库绘制 PCA 结果时，我试图使我的绘图保持一致的可变颜色。下面的可重现示例：

data("decathlon2")
df <- decathlon2[1:23, 1:10]
library("FactoMineR")
res.pca <- PCA(df,  graph = FALSE)
get_eig(res.pca)

# Contributions of variables to PC1
fviz_contrib(res.pca, choice = "var", axes = 1, top = 10)
# Contributions of variables to PC2
fviz_contrib(res.pca, choice = "var", axes = 2, top = 10)

我希望 PC1 和 PC2 的绘图具有 10 种颜色的调色板，这在绘图中是相同的（即 x100m 在两者中都是红色的）。但是，在我的实际数据集中，我有 15 个解释变量，这似乎超出了颜色 brewer 的限制，因此存在两个问题：

1. 如何保持一致的配色方案
2. 能够使用 15 种颜色

先感谢您。

标签： rggplot2plotpca

Answer 1

（我假设你已经知道你需要添加fill = "name"到fviz_contrib()调用中；否则这些条将默认为fill = "steelblue"。）

您可以手动定义调色板，以便每个变量对应于相同的颜色。

使用问题中的示例来模拟问题，假设我们只想显示前 7 个，当共有 10 个变量时：

# naive way with 7-color palette applied to different variables
fviz_contrib(res.pca, choice = "var", fill = "name", color = "black", axes = 1, top = 7)
fviz_contrib(res.pca, choice = "var", fill = "name", color = "black", axes = 2, top = 7)

hue_pal()我们可以使用scales包中的 10 种不同颜色（每列一种）创建一个调色板df。

（您也可以使用基本包中的rainbow()/ / 等调色板。不过，我发现它们的默认颜色范围相当强烈，对于条形图来说往往过于刺眼。）heat.colors()grDevices

mypalette <- scales::hue_pal()(ncol(df))
names(mypalette) <- colnames(df)

# optional: see what each color corresponds to
ggplot(data.frame(x = names(mypalette),
                  y = 1,
                  fill = mypalette)) +
  geom_tile(aes(x = x, y = y, fill = fill), color = "black") +
  scale_fill_identity() +
  coord_equal()

scale_fill_manual()与每个图表上的自定义调色板一起使用：

fviz_contrib(res.pca, choice = "var", fill = "name", color = "black", axes = 1, top = 7) +
  scale_fill_manual(values = mypalette)
fviz_contrib(res.pca, choice = "var", fill = "name", color = "black", axes = 2, top = 7) +
  scale_fill_manual(values = mypalette)