时间戳

首页 > 解决方案 > 使用 rpy2 从矩阵创建命名列表

python-3.x - 使用 rpy2 从矩阵创建命名列表

问题描述

我有一个2D numpy转换为的数组，R matrix现在我需要将其进一步转换为named list：

rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
nr,nc = counts.shape
r_mtx = robjects.r.matrix(counts, nrow=nr, ncol=nc)

所以，我得到了矩阵r_mtx，但我不知道如何从中制作一个命名列表，类似于我们在其中的操作R：

 named_list <- list(counts=mtx)

我需要它输入SingleCellExperiment对象来进行数据集规范化：

https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/scran/inst/doc/scran.html

我尝试使用rpy2.rlike.container两者TaggedList，OrdDict但无法弄清楚如何将它们应用于我的案例。

标签： python-3.xbioinformaticsrpy2

解决方案

最终我解决了它（避免将numpy数组转换为r矩阵），直接从numpy数组中生成命名列表：

named_list = robjects.r.list(counts=counts)

数组counts在哪里2D numpy

推荐阅读