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bash - 使用 MacOS 终端对同一目录下的多个 VCF 文件执行 Plink

问题描述

我目前有许多要转换为 plink 格式的 VCF 文件。我通过使用以下参数从终端运行 plink 来做到这一点。

./plink --vcf BH4_F3_F2.g.vcf.gz --recode --const-fid --allow-extra-chr --out BH4_F3_F2

然而，我需要在大约 100 个不同名称的设备上运行此命令，例如 BH4_F3_F2.g.vcf.gz BH4_F2_F1.g.vcf.gz

有没有办法做到这一点而不必分别执行？

标签： bashloopscommandvcf-vcard

解决方案

检查for循环语法。就像是

for vcf in *vcf
do
    ./plink --vcf "$vcf" --recode --const-fid --allow-extra-chr --out "$vcf.plink"
done

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