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r - 在 r 中，如何根据文件名将 X 个固定宽度的平面文件读入 Y 个数据帧？

问题描述

所以我有 80 个文件名格式为：

P.A3588.ACO.CCLF0.D00001.TO30000
P.A3588.ACO.CCLF0.D30001.TO60000
...
P.A3588.ACO.CCLF1.D30001.TO60000    
P.A3588.ACO.CCLF1.D30001.TO60000
...
P.A3588.ACO.CCLF9.D30001.TO60000    
P.A3588.ACO.CCLF9.D30001.TO60000

有 80 个固定宽度的文本文件：10 个 CCLF 编号（CCLF0、CCLF1、...、CCLF9）中的每一个都有 8 个部分。我希望能够按 CCLF 编号进行分组，应用列宽向量，添加列名，并绑定 CCLF 部分的行。

以下是我到目前为止所尝试的。它不起作用，但让我知道我正在尝试什么。

filenames <- list.files(dataPath)
names <- substr(filenames,13,17)

CCLF1_width <- c(13,6,11,2,10,10,1,1,7,7,2,17,1,2,2,4,1,10,10,10,10,10,2,10,10,10,11,2,2,1,1,1)
CCLF2_width <- c(13,10,11,2,10,10,4,10,5,11,6,10,10,24,17,2,2,2,2,2)
CCLF3_width <- c(13,11,2,2,7,10,11,6,10,10,1)
CCLF4_width <- c(13,11,2,1,2,7,11,6,10,10,7,1)
CCLF5_width <- c(13,10,11,2,10,10,3,2,2,1,2,10,10,5,15,1,7,10,10,2,2,2,10,10,40,11,17,24,2,2,2,2,2,2,7,7,7,7,7,7,7,7,1)
CCLF6_width <- c(13,10,11,2,10,10,1,2,10,10,5,15,1,10,10,2,2,2,10,10,40,11,17,2)
CCLF7_width <- c(13,11,11,2,10,2,20,1,1,24,9,2,20,13,2,10,10,12,9)
CCLF8_width <- c(11,2,3,5,10,1,1,3,2,2,10,10,10,30,15,40,1,1)
CCLF9_width <- c(11,11,10,10,12)
CCLF0_width <- c(11,11)

for (i in length(filenames)){
  assign(paste0(substr(filenames,13,17)),
  read_fwf(grepl("CCLF1",filenames),
  paste0(i,"_width")))
  }

标签： rfor-loopimportfixed-width

解决方案

这个问题可以用一个 for 循环和一个函数来解决。我编写了combine_fwf将所有具有给定 CCLF 编号的固定宽度文件组合到单个数据帧中的函数。该list.files行查找当前工作目录中包含 CCLF 的所有文件，其中是您的数字之一 (0-9)。然后使用read.fwf将该文件名读入数据帧，在 CCLF 编号上 cbind 并将其 rbind 到整体结果。

combine_fwf = function(CCLF_num, colwidths) {
  filenames = list.files(pattern = paste0("CCLF", CCLF_num))
  df_list = vector("list", length(filenames))
  for (i in 1:length(filenames)) {
   df_list[[i]] = cbind.data.frame(CCLF_num, read.fwf(filenames[[i]], 
                                   colwidths)) 
  }
  return(do.call(rbind, df_list))
}

combine_fwf(2, c(12,6))
>>  CCLF_num           V1     V2
1        2 adsfasdfadsf 123123
2        2 lkjhlkjhlkjh  98098
3        2 adsfasdfadsf 123123
4        2 lkjhlkjhlkjh  98098
5        2 adsfasdfadsf 123123
6        2 lkjhlkjhlkjh  98098
> combine_fwf(1, c(12,6))
  CCLF_num           V1     V2
1        1 adsfasdfadsf 123123
2        1 lkjhlkjhlkjh  98098
3        1 adsfasdfadsf 123123
4        1 lkjhlkjhlkjh  98098
5        1 adsfasdfadsf 123123
6        1 lkjhlkjhlkjh  98098

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