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slurm - SLURM sacct 显示“批处理”和“外部”作业名称

问题描述

我已将作业提交到 SLURM 队列，作业已运行并完成。sacct然后我使用命令检查已完成的作业。但是查看 sacct 命令的结果，我注意到了我没想到的其他结果：

       JobID                        JobName      State      NCPUS  Timelimit
5297048                                test  COMPLETED          1   00:10:00  
5297048.bat+                          batch  COMPLETED          1           
5297048.ext+                         extern  COMPLETED          1

谁能解释一下“批处理”和“外部”工作是什么以及它们的目的是什么。为什么即使主作业失败，外部作业也总是完成。

我试图搜索文档，但没有找到令人满意和完整的答案。

编辑：这是我提交以产生上述sacct输出的脚本：

#!/bin/bash
echo test_script > done.txt

使用以下sbatch命令：

sbatch -A BRIDGE-CORE-SL2-CPU --nodes=1 --ntasks=1 -p skylake --cpus-per-task 1 -J jobname -t 00:10:00 --output=./output.out --error=./error.err < test.sh

标签： slurm

解决方案

一个 Slurm 作业包含多个作业步骤，这些作业步骤都由 Slurm 单独计算（就资源使用而言）。通常，这些步骤是使用 srun/mpirun 创建并从 0 开始枚举的。但除此之外，有时还有两个特殊步骤。例如，从事以下工作：

sbatch -n 4 --wrap="srun hostname; srun echo Hello World"

这导致了以下 sacct 输出：

       JobID    JobName  Partition    Account  AllocCPUS      State ExitCode 
------------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------- 
5163571            wrap     medium      admin          4  COMPLETED      0:0 
5163571.bat+      batch                 admin          4  COMPLETED      0:0 
5163571.ext+     extern                 admin          4  COMPLETED      0:0 
5163571.0      hostname                 admin          4  COMPLETED      0:0 
5163571.1          echo                 admin          4  COMPLETED      0:0

这两个srun调用创建了步骤5163571.0和5163571.1。5163571.bat+批处理脚本所需的资源的帐户（在这种情况下只是srun hostname; srun echo Hello World.--wrap只是将其放入文件并添加#!/bin/sh）。

许多非 MPI 程序在批处理步骤中进行大量计算，因此资源使用量在那里计算。

现在是5163571.ext+：这一步说明了该作业在 slurm 之外的所有资源使用情况。这仅在使用PrologFlag contain时显示。

属于 slurm 作业但不受 slurm 直接控制的进程的一个示例是 ssh 会话。如果您 ssh 进入运行您的作业之一的节点，您的会话将被放置到作业的上下文中（如果已设置，您将被 cgroups 限制为可用资源）。您在该 ssh 会话中所做的所有计算都将在 .extern 作业步骤中进行说明。

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