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python - Python NetworkX 将 Panda 的整数转换为浮点数

问题描述

我正在尝试从 pandas 数据框构建 networkx 图，并在绘制时使用节点位置数组。我遇到的问题是将熊猫列包含为边缘属性时。如果属性列是浮点类型，它会将节点 ID (int) 的值转换为浮点类型，这会导致在位置数组中为 networkx 的绘制函数建立索引问题。

这可能可以通过在创建节点和边之后显式添加属性来解决，但我觉得应该有一种方法可以解决这个问题，所以我遗漏了一些明显的东西。

谢谢你的帮助。

import networkx as nx
import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

#set up datae frame
UpNodes  =np.array([0,0,1,1,2,2,6,6,8,8,10], dtype=np.int)
DownNodes=np.array([1,2,3,4,4,5,7,8,9,10,11], dtype=np.int)
ORDER    =np.array([2,1,1,1,3,2,1,1,1,2,3],dtype=np.float) #toggle this from int to float

df=pd.DataFrame(
{'UpNodes': UpNodes,
 'DownNodes':DownNodes,
 'ORDER': ORDER},
 columns=['UpNodes','DownNodes','ORDER'])

#create array of spatial positions for nodes
pos=np.array(
[[ 0., 0.  ],
 [ 1., 0.5 ],
 [ 1., -0.5 ],
 [ 2., 1.  ],
 [ 2., 0.25],
 [ 2., -1.  ],
 [ 3., 2.  ],
 [ 4., 3.  ],
 [ 4., 1.  ],
 [ 5., 2.  ],
 [ 5., 0.  ],
 [ 6., 0.  ]]
)

plt.figure('Im a plot')

print df
print df.dtypes
G=nx.from_pandas_edgelist(df,'UpNodes','DownNodes','ORDER')
print G.edges

nx.draw(G, pos, node_size=90, with_labels=False)

print 'Done'

plt.show()

标签： pythonpandasnetworkx

解决方案

好的，是的，阅读文档确实很有帮助，因为这个问题就在那里。对于其他想要解决此问题的人，您可以编写自己的来使用 itertuples 而不是 iterrows，这不会节省 dtype。

def pandas_to_Network(df,UpNode,DownNode,Attributes):
    #Create a graph
    G=nx.Graph()
    #Loop through the pandas dataframe and add edges
    for row in df.itertuples():
        #convert edge attributes to dictionary form
        edgedata={}
        for edge_key in Attributes:
            edgedata.update({edge_key:getattr(row,edge_key)})

        #create edge
        G.add_edge(getattr(row,UpNode), getattr(row,DownNode),**edgedata)

    return G

其中 attributes 是列标题列表（在我的例子中只是 ['ORDER']）

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