r - gganimate 如何订购有序条形时间序列？

Question

我有一个时间序列的数据，其中我在 y 轴上绘制疾病的诊断率，在 x 轴上绘制DIAG_RATE_65_PLUS地理组以NAME作为简单的条形图进行比较。我的时间变量是ACH_DATEyearmon，动画正在循环播放，如标题所示。

df %>% ggplot(aes(reorder(NAME, DIAG_RATE_65_PLUS), DIAG_RATE_65_PLUS)) +
  geom_bar(stat = "identity", alpha = 0.66) +
  labs(title='{closest_state}') +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 1, size = 22),
        axis.text.x=element_blank()) +
  transition_states(ACH_DATEyearmon, transition_length = 1, state_length = 1) +
  ease_aes('linear')

我已经重新排序NAME，所以它的排名是DIAG_RATE_65_PLUS.

gganimate 产生什么：

我现在有两个问题：

1) gganimate 究竟如何重新排序数据？有一些总体上的重新排序，但每个月都没有按照DIAG_RATE_65_PLUS从小到大对组进行完美排序的框架。理想情况下，我希望完美订购最后一个月的“2018 年 8 月”。前几个月的所有 x 轴都可以基于“2018 年NAME8 月”的订单。

2) gganimate 中是否有一个选项，其中组在条形图中每个月“转移”到正确的排名？

我的评论查询的情节：

https://i.stack.imgur.com/s2UPw.gif https://i.stack.imgur.com/Z1wfd.gif

@JonSpring

    df %>%
  ggplot(aes(ordering, group = NAME)) +
  geom_tile(aes(y = DIAG_RATE_65_PLUS/2, 
                height = DIAG_RATE_65_PLUS,
                width = 0.9), alpha = 0.9, fill = "gray60") +
  geom_hline(yintercept = (2/3)*25, linetype="dotdash") +
  # text in x-axis (requires clip = "off" in coord_cartesian)
  geom_text(aes(y = 0, label = NAME), hjust = 2) + ## trying different hjust values
  theme(plot.title = element_text(hjust = 1, size = 22),
        axis.ticks.y = element_blank(), ## axis.ticks.y shows the ticks on the flipped x-axis (the now metric), and hides the ticks from the geog layer
        axis.text.y = element_blank()) + ## axis.text.y shows the scale on the flipped x-axis (the now metric), and hides the placeholder "ordered" numbers from the geog layer
  coord_cartesian(clip = "off", expand = FALSE) +
  coord_flip() +
  labs(title='{closest_state}', x = "") +
  transition_states(ACH_DATEyearmon, 
                    transition_length = 2, state_length = 1) +
  ease_aes('cubic-in-out')

使用hjust=2，标签不对齐并四处移动。

更改上面的代码hjust=1

@eipi10

df %>% 
  ggplot(aes(y=NAME, x=DIAG_RATE_65_PLUS)) +
  geom_barh(stat = "identity", alpha = 0.66) +
  geom_hline(yintercept=(2/3)*25, linetype = "dotdash") + #geom_vline(xintercept=(2/3)*25) is incompatible, but geom_hline works, but it's not useful for the plot
  labs(title='{closest_state}') +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 1, size = 22)) +
  transition_states(ACH_DATEyearmon, transition_length = 1, state_length = 50) +
  view_follow(fixed_x=TRUE) +
  ease_aes('linear')

标签： ranimationggplot2dplyrgganimate

Answer 1

为了补充@eipi10 的出色答案，我认为这是一个值得更换geom_bar以获得更大灵活性的案例。geom_bar通常对于离散类别来说是相当方便的，但它并没有让我们充分利用gganimate'ssilly-smooth 动画的荣耀。

例如，使用geom_tile，我们可以重新创建与 geom_bar 相同的外观，但在 x 轴上具有流体运动。这有助于保持对每个条的视觉跟踪，并查看哪些条的顺序变化最多。我认为这很好地解决了您问题的第二部分。

为了完成这项工作，我们可以在数据中添加一个新列，显示每个月应该使用的顺序。我们将此订单保存为双精度数，而不是整数（使用* 1.0）。这将允许gganimate在位置 1 和位置 2 之间设置动画时在位置 1.25 放置一个条形图。

df2 <- df %>%
  group_by(ACH_DATEyearmon) %>%
  mutate(ordering = min_rank(DIAG_RATE_65_PLUS) * 1.0) %>%
  ungroup() 

现在我们可以以类似的方式绘图，但使用geom_tile代替geom_bar. 我想NAME在顶部和轴上都显示，所以我使用了两个geom_text具有不同 y 值的调用，一个在零处，一个在条形的高度。vjust让我们使用文本行单位垂直对齐每个。

这里的另一个技巧是关闭剪辑coord_cartesian，这让底部文本位于绘图区域下方，进入 x 轴文本通常所在的位置。

p <- df2 %>%
  ggplot(aes(ordering, group = NAME)) +

  geom_tile(aes(y = DIAG_RATE_65_PLUS/2, 
                height = DIAG_RATE_65_PLUS,
                width = 0.9), alpha = 0.9, fill = "gray60") +
  # text on top of bars
  geom_text(aes(y = DIAG_RATE_65_PLUS, label = NAME), vjust = -0.5) +
  # text in x-axis (requires clip = "off" in coord_cartesian)
  geom_text(aes(y = 0, label = NAME), vjust = 2) +
  coord_cartesian(clip = "off", expand = FALSE) +

  labs(title='{closest_state}', x = "") +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 1, size = 22),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        axis.text.x  = element_blank()) + 

  transition_states(ACH_DATEyearmon, 
                    transition_length = 2, state_length = 1) +
  ease_aes('cubic-in-out')

animate(p, nframes = 300, fps = 20, width = 400, height = 300)

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回到您的第一个问题，这是我fill = "gray60"从geom_tile通话中删除后制作的彩色版本。我按照NAME2017 年 8 月的顺序对类别进行了排序，因此它们看起来像您所描述的那样是按顺序排列的。

可能有更好的方法来进行排序，但我通过加入df2一个只有 2017 年 8 月排序的表来做到这一点。

Aug_order <- df %>%
  filter(ACH_DATEyearmon == "Aug 2017") %>%
  mutate(Aug_order = min_rank(DIAG_RATE_65_PLUS) * 1.0) %>%
  select(NAME, Aug_order)

df2 <- df %>%
  group_by(ACH_DATEyearmon) %>%
  mutate(ordering = min_rank(DIAG_RATE_65_PLUS) * 1.0) %>%
  ungroup() %>%
  left_join(Aug_order) %>%
  mutate(NAME = fct_reorder(NAME, -Aug_order))